Η αλιεία είναι ένας τομέας τόσο ευπαθής όσο ο γεωργικός τομέας. H παραγωγή εξαρτάται, πράγματι, από πολλούς παράγοντες ανεξάρτητους από τη θέληση των παραγωγών: τον καιρό, τη ρύπανση των υδάτων, την οριοθέτηση των αλιευτικών ζωνών. O τομέας της θαλάσσιας αλιείας, που αποτελεί το κύριο μέρος του γενικού τομέα της αλιείας, παρουσιάζει μια ιδιότυπη κοινωνική διάρθρωση και συχνά πολύ σκληρές συνθήκες ζωής και εργασίας. Η αλιεία είναι ιδιαίτερα σημαντική για την οικονομία ορισμένων παράκτιων, συχνά λιγότερο ευνοημένων, περιοχών και αντιπροσωπεύει ένα μεγάλο μέρος του εισοδήματος των κατοίκων τους. Γι' αυτούς τους λόγους πρέπει η κοινή οργάνωση των αγορών στον τομέα της αλιείας να συμπληρώνεται από μια κοινή πολιτική των διαρθρώσεων της αλιείας. Αυτή η ανάγκη αναγνωρίστηκε ήδη από το 1970 και γι' αυτό ο κανονισμός που θέσπιζε την κοινή διαρθρωτική πολιτική στον τομέα της αλιείας υιοθετήθηκε συγχρόνως με τον κανονισμό για την κοινή οργάνωση αγοράς στον τομέα των προϊόντων αλιείας.
Παρά τα διαρθρωτικά μέτρα, τα οποία εφαρμόστηκαν έτσι κατά τις δεκαετίες του '70 και του '80, ο αλιευτικός τομέας αντιμετώπιζε, στις αρχές της δεκαετίας του '90, μια σοβαρή διαρθρωτική κρίση, η οποία χαρακτηριζόταν ιδίως από: χρόνια και εξαπλούμενη υπερδυναμικότητα των αλιευτικών στόλων· υπερβολική κεφαλαιοποίηση και υπερχρέωση των επιχειρήσεων· περιορισμό ορισμένων αλιευτικών μεθόδων για τη συντήρηση των πόρων· συμμόρφωση προς τους ευρωπαϊκούς κανόνες υγιεινής, υγείας, ποιότητας των προϊόντων, καθώς και ασφάλειας στην εργασία στα αλιευτικά σκάφη. Eξάλλου, πολλές παράκτιες περιοχές έπασχαν από έναν ευαίσθητο κοινωνικό-οικονομικό ιστό, ιδιαίτερα οι ζώνες οι εξαρτώμενες από την αλιεία, για τις οποίες η αλιεία ήταν συχνά η μοναδική δραστηριότητα (μαζί με τις εξαρτώμενες από αυτήν δραστηριότητες).
Λαμβάνοντας υπόψη την επιδείνωση των διαρθρωτικών προβλημάτων του τομέα της αλιείας μετά τη διεύρυνση της Ένωσης, το χρηματοδοτικό μέσο προσανατολισμού της αλιείας (ΧΜΠΑ) αντικαταστάθηκε από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Αλιείας (ΕΤΑ) [Κανονισμός 1198/2006, τροπ.τελευταία από κανονισμό 387/2012]. Οι κύριοι στόχοι της συνδρομής του ΕΤΑ είναι: (α) η στήριξη της κοινής αλιευτικής πολιτικής προκειμένου να διασφαλισθεί η εκμετάλλευση των έμβιων υδρόβιων πόρων και η στήριξη της υδατοκαλλιέργειας··(β) η προαγωγή της βιώσιμης ισορροπίας μεταξύ των πόρων και της αλιευτικής ικανότητας του ευρωπαϊκού αλιευτικού στόλου· (γ) η προαγωγή της βιώσιμης ανάπτυξης της αλιείας εσωτερικών υδάτων· (δ) η ενίσχυση της ανταγωνιστικότητας των επιχειρησιακών δομών και την ανάπτυξη οικονομικά βιώσιμων επιχειρήσεων στον αλιευτικό κλάδο· και (ε) η συμβολή στην προστασία και τη βελτίωση του περιβάλλοντος και των φυσικών πόρων εφόσον σχετίζονται με τον αλιευτικό κλάδο.
Η επίτευξη των στόχων του ΕΤΑ επιδιώκεται στο πλαίσιο στενής συνεργασίας («εταιρικής σχέσης») μεταξύ της Επιτροπής και του κράτους μέλους. Η εταιρική αυτή σχέση αφορά τις περιφερειακές, τις τοπικές και τις λοιπές δημόσιες αρχές, καθώς και άλλους προσήκοντες φορείς, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που είναι υπεύθυνοι για το περιβάλλον και την προώθηση της ισότητας μεταξύ ανδρών και γυναικών, των οικονομικών και κοινωνικών εταίρων και άλλων αρμόδιων φορέων. Οι ενδιαφερόμενοι εταίροι πρέπει να συμμετέχουν στην προπαρασκευή, στην εφαρμογή, στην παρακολούθηση και την αξιολόγηση της συνδρομής. Το ΕΤΑ παρέχει συνδρομή, η οποία συμπληρώνει τις εθνικές, περιφερειακές και τοπικές δράσεις, ενσωματώνοντας σε αυτές τις προτεραιότητες της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Το σύστημα προγραμματισμού έχει τη μορφή ενιαίου επιχειρησιακού προγράμματος ανά κράτος μέλος, σύμφωνα με την εθνική του δομή. Ο προγραμματισμός πρέπει να διασφαλίζει τον συντονισμό του ΕΤΑ με τα άλλα ταμεία που επιδιώκουν τη βιώσιμη ανάπτυξη, καθώς και με τα διαρθρωτικά ταμεία και με άλλα ευρωπαϊκά ταμεία. Η διαδικασία προγραμματισμού καλύπτει την περίοδο από την 1η Ιανουαρίου 2007 έως τις 31 Δεκεμβρίου 2013. Ειδικά μέτρα της ΕΕ στο πλαίσιο του ΕΤΑ στοχεύουν στην παροχή έκτακτης και προσωρινής στήριξης στα πρόσωπα και στις επιχειρήσεις που δραστηριοποιούνται στον τομέα της αλιείας και πλήττονται από την οικονομική κρίση, η οποία οφείλεται στην αύξηση της τιμής του πετρελαίου το 2008 [Κανονισμός 744/2008].
