La pêche est un secteur aussi vulnérable, sinon plus vulnérable, que le secteur agricole. La production dépend, en effet, de plusieurs facteurs indépendants de la volonté des producteurs: le temps, la pollution des eaux, la délimitation des zones de pêche... Le secteur de la pêche maritime, qui constitue la partie dominante du secteur général de la pêche, présente une structure sociale originale et des conditions de vie et de travail souvent très dures propres à l'exploitation de la mer. La pêche, a une importance particulière dans l'économie de certaines régions côtières souvent défavorisées du point de vue économique, et représente une partie importante du revenu de leurs populations. C'est pourquoi, l'organisation commune des marchés dans le secteur de la pêche doit avoir pour complément une politique commune des structures de la pêche. Cette nécessité a été reconnue dès 1970 et c'est ainsi que le règlement établissant une politique commune des structures a été adopté en même temps que le règlement portant sur l'organisation commune des marchés dans le secteur des produits de la pêche.

En dépit des actions structurelles qui ont ainsi été mises en œuvre pendant les années 70 et 80, le secteur de la pêche connaissait, au début des années 90, une crise structurelle très grave caractérisée notamment par: la surcapacité chronique quasi-générale des flottilles; la surcapitalisation et le surendettement des entreprises; les restrictions apportées à certaines techniques de pêche en raison de la conservation des ressources; la mise aux normes européennes en matière d'hygiène, de santé, de qualité des produits ainsi qu'en matière de sécurité au travail à bord des navires de pêche. En outre, beaucoup de régions littorales souffraient d'un tissu socio-économique fragile, en particulier les zones dépendantes de la pêche, pour lesquelles la pêche était souvent une mono-activité (compte tenu des activités induites).

Tenant compte de l'aggravation des problèmes structurels du secteur de la pêche dans l'UE élargie, l'ancien Instrument financier d'orientation de la pêche (IFOP) a été remplacé par le Fonds européen pour la pêche ("FEP") [Règlement 1198/2006, mod. en dernier lieu par règlement 387/2012]. Les interventions du FEP visent notamment à: (a) soutenir la politique commune de la pêche afin de garantir une exploitation des ressources aquatiques vivantes et de soutenir l'aquaculture afin d'assurer sa durabilité; (b) promouvoir un équilibre durable entre les ressources et la capacité de pêche de la flotte de pêche européenne; (c) promouvoir un développement durable de la pêche dans les eaux intérieures; (d) renforcer la compétitivité des structures d'exploitation et le développement d'entreprises économiquement viables dans le secteur de la pêche; et (e) favoriser la protection et la valorisation de l'environnement et des ressources naturelles dans les cas où ces questions sont liées au secteur de la pêche.

Les objectifs du Fonds sont poursuivis dans le cadre d'une coopération étroite ("partenariat") entre la Commission et l'État membre. Ce partenariat concerne les autorités publiques régionales, locales et autres, ainsi que d'autres organismes appropriés, y compris ceux qui sont responsables de l'environnement et de la promotion de l'égalité entre les hommes et les femmes, les partenaires économiques et sociaux et les autres organismes compétents. Il convient d'associer les partenaires concernés à la préparation, à la mise en œuvre, au suivi et à l'évaluation des interventions. Le FEP intervient en complément des actions nationales, régionales et locales, en y intégrant les priorités de l'Union européenne. Le système de programmation devrait être simplifié. Le système de programmation prend la forme d'un programme opérationnel unique par État membre, conformément à sa structure nationale. La programmation doit assurer la coordination du FEP avec les autres fonds axés sur le développement durable ainsi qu'avec les fonds structurels et d'autres fonds européens. L'exercice de programmation couvre la période allant du 1er janvier 2007 au 31 décembre 2013. Une action spécifique de l'UE s'inscrivant dans le cadre du FEP vise à apporter un soutien exceptionnel et temporaire aux personnes et aux entreprises du secteur de la pêche touchées par la crise économique résultant de l'augmentation des prix du pétrole en 2008 [Règlement 744/2008].