La mise en place et le fonctionnement du marché commun des produits agricoles s'accompagnent de l'établissement d'une organisation commune des marchés agricoles (OCM) pouvant prendre diverses formes suivant les produits, conformément à l'article 40 du traité sur le fonctionnement de l'UE. À l'heure actuelle, pratiquement toute la production agricole de la Communauté est régie par des organisations communes. L'article 38 du TFUE (ex-article 32 TCE) définit les produits agricoles comme étant les produits du sol, de l'élevage et de la "pêcherie", ainsi que les produits de première transformation qui sont en rapport direct avec ces produits. Les produits alimentaires étant considérés comme ceux de deuxième transformation, ne sont donc pas compris dans les produits agricoles. Pour qu'il n'y ait aucun malentendu, les produits qui sont soumis aux dispositions du titre "agriculture" sont énumérés dans la liste qui fait l'objet de l'annexe I du TFUE. C'est pourquoi, dans la terminologie de la Communauté/Union européenne, il est souvent fait état de régimes applicables aux produits de l'annexe I.
Depuis l'introduction de la PAC, le Conseil avait établi 21 organisations communes de marchés couvrant les différents produits ou groupes de produits, ces organisations étant régie par des "règlements de base", souvent complétés par une série d'autres règlements du Conseil. L'organisation du marché de chaque produit faisait appel à différents mécanismes définis dans son règlement de base arrêté par le Conseil selon la grande procédure [voir la section 21.3.2], mais les OCM reposaient principalement sur deux piliers, à savoir: des mesures sur le marché intérieur, qui concernaient, le plus souvent, la formation des prix et leur soutien; et un régime d'échanges avec les pays tiers, qui était conforme à l'accord sur l'agriculture conclu dans le cadre des négociations de l'Uruguay Round du GATT [voir la section 23.4].
La cinquième réforme de la PAC (septembre 2003) a établi des règles communes pour les régimes de soutien direct dans le cadre de la politique agricole commune et les régimes de soutien aux producteurs de certaines cultures (blé dur, protéagineux, riz, fruits à coque, cultures énergétiques, pommes de terre féculières, lait, semences, grandes cultures, viande ovine et caprine, viande bovine et légumineuses à grains) [Règlement 1782/2003, remplacé par le règlement 73/2009]. La réforme tient compte des préoccupations grandissantes des consommateurs en matière de qualité et de sûreté des denrées alimentaires ainsi que de protection de l’environnement. En effet, le paiement intégral de l'aide directe est désormais lié au respect de règles en matière de terres, de production et d'activité agricoles, qui doivent viser à intégrer des normes de base en matière d'environnement, de sécurité des aliments, de santé et de bien-être des animaux et de bonnes conditions agricoles et environnementales dans les organisations communes des marchés. La réforme impose une réduction des paiements directs ("modulation") aux grandes exploitations afin de financer la nouvelle politique de développement rural, et met en place un mécanisme de discipline financière visant à garantir le respect du budget agricole fixé jusqu'en 2013. La réforme des régimes de soutien concerne aussi les agriculteurs des douze nouveaux États membres [Règlement 583/2004 et décision 2004/281].
Visant l'objectif de simplification de l'environnement réglementaire de la PAC, le règlement 1782/2003 (remplacé par le règlement 73/2009) a créé un cadre juridique horizontal pour tous les régimes de soutien direct dans le cadre de la politique agricole commune. Ensuite, cette approche a été appliquée aux règlements de base des CMO. Ces règlements ont été abrogés et les dispositions qu'ils contenaient ont été remplacées par des dispositions horizontales contenues dans le règlement 1234/2007 (règlement "OCM unique"). Ce règlement a établi une organisation commune des marchés pour les produits appartenant aux secteurs suivants: les céréales, le riz, le sucre, les fourrages séchés, les semences, le houblon, l'huile d'olive et les olives de table, le lin et le chanvre, les fruits et les légumes, les fruits et les légumes transformés, les bananes, le vin, les plantes vivantes et les produits de la floriculture, le tabac brut, la viande bovine, le lait et les produits laitiers, la viande de porc, les viandes ovine et caprine, les œufs, la viande de volaille, et les autres produits de la partie XXI de l'annexe I. Le règlement 1234/2007 établit notamment des règles communes concernant les campagnes de commercialisation, l'intervention publique et le stockage privé, les prix de référence et les prix d'intervention et l'écoulement des stocks d'intervention.
