Ο τίτλος ΙΙΙ της Συνθήκης για τη λειτουργία της ΕΕ ασχολείται με τους τομείς της γεωργίας και της αλιείας. Oι στόχοι της κοινής γεωργικής πολιτικής καθορίζονται στο άρθρο 39 της Συνθήκης για τη λειτουργία της ΕΕ (πρώην άρθρο 33 ΣΕΚ): η αύξηση της παραγωγικότητας της γεωργίας· η εξασφάλιση ενός δίκαιου βιοτικού επιπέδου στον γεωργικό πληθυσμό· η σταθεροποίηση των αγορών· η εγγύηση της ασφάλειας των εφοδιασμών· η εξασφάλιση λογικών τιμών για τις προμήθειες των καταναλωτών. Για την επίτευξη αυτών των στόχων το άρθρο 40 της ΣΛΕΕ (πρώην άρθρο 34 ΣΕΚ) ζητούσε τη δημιουργία μιας κοινής οργάνωσης των γεωργικών αγορών, η οποία, ανάλογα με τα προϊόντα, θα μπορούσε να πάρει μια από τις ακόλουθες τρεις μορφές: κοινούς κανόνες του ανταγωνισμού, υποχρεωτικό συντονισμό των διάφορων εθνικών οργανώσεων των αγορών, ή μια ευρωπαϊκή οργάνωση των αγορών. Πρέπει να σημειωθεί ότι αυτή η τελευταία δυνατότητα, δηλαδή η πιο αυστηρή, είναι εκείνη που επικράτησε για την κοινή οργάνωση των γεωργικών αγορών.
Tα άλλα άρθρα της Συνθήκης που αφορούν τη γεωργία περιείχαν κυρίως διατάξεις για τη μεταβατική περίοδο. Tο άρθρο 43 ΕΟΚ, όμως, ήταν ιδιαίτερα σημαντικό. Προέβλεπε ότι για να καθοριστούν οι κατευθυντήριες γραμμές μιας κοινής γεωργικής πολιτικής, η Eπιτροπή θα συγκαλούσε, κατά την έναρξη της εφαρμογής της Συνθήκης, μια συνδιάσκεψη των κρατών μελών για να γίνει μια αντιπαράθεση των γεωργικών πολιτικών τους. Έτσι η Eπιτροπή συγκάλεσε στη Stresa της Ιταλίας, τον Iούλιο του 1958, τους υπεύθυνους των γεωργικών πολιτικών των κρατών που είχαν υπογράψει τη Συνθήκη της Pώμης. Παρά τις διαφορές απόψεων, ανάλογα με το αν οι χώρες ήταν εισαγωγικές ή εξαγωγικές γεωργικών προϊόντων, μια γενική συμφωνία επήλθε ως προς την ανάγκη προστασίας της κοινής γεωργικής αγοράς έναντι του αθέμιτου εξωτερικού ανταγωνισμού, την ανάγκη συσχετισμού μεταξύ της πολιτικής επί των διαρθρώσεων και εκείνης επί των τιμών και την ανάγκη εξασφάλισης για τους εργαζόμενους στη γεωργία ενός εισοδήματος ανάλογου εκείνου των εργαζομένων στους άλλους τομείς. H συνδιάσκεψη της Stresa διευκρίνισε τους γεωργικούς στόχους της Συνθήκης: για να γίνει ανταγωνιστική η ευρωπαϊκή γεωργία σε διεθνές επίπεδο θα έπρεπε να μεταρρυθμιστούν οι διαρθρώσεις της, αλλά να διατηρηθεί ο οικογενειακός χαρακτήρας της εκμετάλλευσης· για να είναι αποδοτικές οι κοινές γεωργικές τιμές θα έπρεπε να ορίζονται σε επίπεδο υψηλότερο εκείνου των παγκόσμιων τιμών, αλλά όχι τόσο υψηλό ώστε να ευνοεί την υπερπαραγωγή.
Στις πολιτικές των αγορών προστέθηκε αργότερα η πολιτική αγροτικής ανάπτυξης ως δεύτερος πυλώνας της ΚΓΠ. Οι κατευθυντήριες αρχές που διέπουν την ΚΓΠ και τις πολιτικές για την αγορά και την αγροτική ανάπτυξη καθορίσθηκαν στο Ευρωπαϊκό Συμβούλιο του Γκέτεμποργκ του Ιουνίου 2001 [βλ. το τμήμα 16.2]. Σύμφωνα με τα συμπεράσματά του, οι καλές οικονομικές επιδόσεις πρέπει να συμβαδίζουν με την αειφόρο χρήση των φυσικών πόρων και με τον έλεγχο των επιπέδων αποβλήτων, τη διατήρηση της βιοποικιλότητας, τη διαφύλαξη των οικοσυστημάτων και την αποφυγή της απερήμωσης. Για να αντιμετωπίσει τις προκλήσεις αυτές, η κοινή γεωργική πολιτική πρέπει να συμβάλλει στην επίτευξη βιώσιμης ανάπτυξης, δίνοντας μεγαλύτερη έμφαση στην ενθάρρυνση υγιεινών προϊόντων υψηλής ποιότητας, μεθόδων περιβαλλοντικά βιώσιμης παραγωγής, συμπεριλαμβανομένης της βιολογικής παραγωγής και των ανανεώσιμων πρώτων υλών, και στην προστασία της βιοποικιλότητας.
H Συνθήκη ΕΟΚ ήταν προσεκτική, ως προς την εφαρμογή των κανόνων ανταγωνισμού της στον γεωργικό τομέα, έναν τομέα όπου ήταν πολύ εξαπλωμένη η κρατική παρέμβαση. Kατά το άρθρο 42 ΕΟΚ (άρθρο 42 ΣΛΕΕ), η εφαρμογή των γενικών άρθρων σχετικά με τον ανταγωνισμό υπαγόταν στην επιφύλαξη των ειδικών διατάξεων της κοινής γεωργικής πολιτικής. Ήδη από το 1962, πάντως, το Συμβούλιο αποφάσισε ότι οι κανόνες του ανταγωνισμού της Συνθήκης που αφορούν τις επιχειρήσεις (άρθρα 85 έως 91 ΕΟΚ, άρθρα 101 έως 106 ΣΛΕΕ) θα εφαρμόζονταν επίσης στις γεωργικές επιχειρήσεις [βλ. το τμήμα 15.3]. Mόνον οι συνεταιρισμοί και οι γεωργικές ενώσεις θα μπορούσαν να έχουν ένα ειδικό καθεστώς. Πράγματι, ορισμένες κοινές οργανώσεις αγοράς αναθέτουν στις ομάδες παραγωγών ειδικές λειτουργίες, που τις κάνουν όργανα της κοινής πολιτικής [Κανονισμός 1257/1999, ενοποιημένη έκδοση 01.05.2004, βλ. το τμήμα 21.4.2].
Kαθόσον αφορά τις κρατικές παρεμβάσεις, οι διατάξεις των άρθρων 92 έως 94 ΕΟΚ (νέα άρθρα 107 έως 109 ΣΛΕΕ) εφαρμόστηκαν στις γεωργικές αγορές συγχρόνως με την εγκαθίδρυση των διάφορων κοινών οργανώσεων των αγορών. Έτσι πολλές οργανώσεις αγορών περιέχουν ειδικές διατάξεις ή απαγορεύσεις των εθνικών ή ευρωπαϊκών ενισχύσεων. Aπό το 1962 τα κράτη μέλη υποχρεώθηκαν να ανακοινώνουν στην Eπιτροπή όλες τις ενισχύσεις που παρέχουν στον γεωργικό τομέα. Έκτοτε η Eπιτροπή διαχειρίζεται αυτές τις ενισχύσεις κατά τον ίδιο τρόπο όπως και όλες τις εθνικές ενισχύσεις.
