Le titre III du traité sur le fonctionnement de l'UE s'occupe de secteurs de l'agriculture et de la pêche. Les objectifs de la politique agricole commune sont précisés dans l'article 39 du traité sur le fonctionnement de l'UE (ex-article 33 TCE): accroître la productivité de l'agriculture; assurer ainsi un niveau équitable à la population agricole; stabiliser les marchés; garantir la sécurité des approvisionnements; et assurer des prix raisonnables dans les livraisons aux consommateurs. Pour atteindre ces objectifs, l'article 40 du TFUE (ex-article 34 TCE) demandait l'établissement d'une organisation commune des marchés agricoles qui, suivant les produits, pourrait prendre l'une des trois formes ci-après: des règles communes en matière de concurrence, une coordination obligatoire des diverses organisations nationales de marché, ou une organisation européenne du marché. Il est intéressant de noter que c'est toujours cette dernière possibilité, la plus rigoureuse, qui a été retenue pour l'organisation commune des marchés agricoles.
Les autres articles du traité consacrés à l'agriculture comprenaient essentiellement des dispositions pour la période transitoire. L'article 43 CEE cependant était particulièrement important. Il stipulait qu'afin de dégager les lignes directrices d'une politique agricole commune, la Commission convoquerait, dès l'entrée en vigueur du traité, une conférence des États membres pour procéder à la confrontation de leurs politiques agricoles. C'est ainsi que la Commission convoqua à la ville italienne de Stresa, en juillet 1958, les responsables agricoles des six États signataires du traité de Rome. Malgré les différences de points de vue, selon que les pays étaient importateurs ou exportateurs de produits agricoles, un accord général s'est dégagé sur la protection du marché commun agricole contre la concurrence extérieure faussée, la corrélation entre une politique des structures et une politique des prix et l'exigence pour les agriculteurs d'une rémunération comparable à celle des travailleurs des autres secteurs. Aux objectifs agricoles du traité, la Conférence de Stresa apporta des précisions: pour que l'agriculture européenne soit compétitive au niveau international, ses structures devaient être réformées, mais le caractère familial des exploitations agricoles devait être sauvegardé; pour que les prix agricoles communs soient suffisamment rémunérateurs, ils devaient se fixer à un niveau supérieur aux cours mondiaux, mais pas à un niveau qui favoriserait la surproduction.
Aux politiques des marchés s'est ajoutée plus tard la politique du développement rural pour former le deuxième pilier de la PAC. Les principes directeurs de la PAC, de la politique des marchés et de la politique de développement rural ont été définis par le Conseil européen de Göteborg de juin 2001 [voir la section 16.2]. Selon ses conclusions, une économie performante doit aller de pair avec une utilisation durable des ressources naturelles et une production viable de déchets, le respect de la biodiversité, la préservation des écosystèmes et la lutte contre la désertification. Pour relever ces défis, la PAC doit contribuer à un développement durable en encourageant davantage les produits sains et de qualité élevée, des méthodes de production écologiquement viables, y compris la production biologique, les matières premières renouvelables et la protection de la biodiversité.
Le traité CEE était prudent en ce qui concerne l'applicabilité de ses règles de concurrence dans le secteur agricole, un secteur où l'intervention des États était très répandue. Selon l'article 42 (actuel article 42 TFUE), l'applicabilité des articles généraux concernant la concurrence était assujettie à la réserve des dispositions spécifiques de la politique agricole commune. Dès 1962 cependant, le Conseil décida que les règles de concurrence du traité applicables aux entreprises (articles 85 à 91 CEE, articles 101 à 106 TFUE) s'appliqueraient également aux entreprises agricoles [voir la section 15.3]. Seules les coopératives et associations agricoles pourraient bénéficier d'un régime spécial; effectivement certaines organisations communes de marché assignent aux groupements de producteurs des fonctions particulières, qui en font des organes de la politique commune [Règlement 1257/1999, voir la section 21.4.2].
Les règles de concurrence concernant les interventions étatiques (articles 92 à 94 CEE, nouveaux articles 107 à 109 TFUE), quant à elles, furent applicables aux marchés agricoles au fur et à mesure de l'établissement des organisations communes des marchés. Ainsi de nombreuses organisations de marché comportent des prescriptions particulières ou des interdictions d'aides nationales ou européennes. Dès 1962, les États membres furent obligés de notifier à la Commission toutes les aides qu'ils octroyaient dans le secteur agricole. Depuis lors, la Commission traite ces aides de la même façon que toutes les aides nationales.
