Sous le programme spécifique "Coopération" relatif à des activités de la CE/UE dans le domaine de la recherche et du développement technologique, un soutien est accordé à la coopération transnationale à toute échelle dans l'Union européenne et au-delà, dans un certain nombre de domaines thématiques relevant les défis sociaux, économiques, de santé publique, environnementaux et industriels de l'Europe [Décision 2006/971]. Ce programme est ouvert à la participation des pays qui ont conclu des accords nécessaires à cet effet et des entités de pays tiers et d'organisations internationales de coopération scientifique. Il soutient l'ensemble des actions de recherche menées en coopération transnationale dans les domaines thématiques suivants:
a) santé;
b) alimentation, agriculture et pêche, biotechnologie;
c) technologies de l'information et de la communication;
d) nanosciences, nanotechnologies, matériaux et nouvelles technologies de production;
e) énergie;
f) environnement (changements climatiques inclus);
g) transports (aéronautique comprise);
h) sciences socio-économiques et humaines;
i) espace;
j) sécurité.
En particulier, les programmes spécifiques de recherche de la CE/UE sont aussi ouverts à la participation des pays de l'AELE (Suisse, Norvège, Islande et Liechtenstein) et des pays de l'Europe centrale et orientale ainsi que des États indépendants de l'ancienne Union soviétique [voir les sections 25.1, 25.2 et 25.4.]. Une coopération scientifique et technique (COST) a lieu depuis 1971 entre les pays de la CE/UE et les autres pays de l'Europe occidentale. Cette opération, qui est maintenant élargie aux pays de l'Europe centrale et orientale, est gérée par un comité des hauts fonctionnaires COST et par des comités spécialisés. Elle se manifeste dans des déclarations communes d'intention des États COST pour la réalisation des actions COST dans les domaines les plus divers, tels que la médecine, les transports ou les matériaux. Le Conseil conclut des accords de concertation entre la Communauté européenne et les pays COST, portant sur des actions concertées faisant partie du programme européen de recherche [voir, par exemple, la décision 88/615 et la décision 92/181]. La Communauté européenne participe à un programme européen de recherche et développement en métrologie entrepris par plusieurs États membres [Décision 912/2009].
Le septième programme-cadre prévoit une contribution de la Communauté européenne pour l'établissement de partenariats public-privé à long terme sous la forme d'initiatives technologiques conjointes qui pourraient être mises en œuvre par des entreprises communes au sens de l'article 171 du traité CE (nouvel article 187 TFUE). Plusieurs entreprises communes ont été créées pour une période allant jusqu'au 31 décembre 2017, comme partenariats publics-privés visant à mobiliser et à mettre en commun des efforts communautaires, nationaux et privés. L'entreprise commune ARTEMIS promeut le développement de technologies essentielles pour les systèmes informatiques embarqués dans différents domaines d'application, telles que les voitures, les avions, les téléphones, les télévisions et même les installations et réseaux énergétiques [Règlement 74/2008]. L'initiative technologique conjointe en matière de médicaments innovants ("entreprise commune IMI") a pour objectif d'améliorer sensiblement l'efficacité du processus de mise au point des médicaments, afin, à plus long terme, que le secteur pharmaceutique produise des médicaments innovants plus efficaces et plus sûrs [Règlement 73/2008]. Une plate-forme technologique européenne sur la nanoélectronique (ENIAC) vise à définir et à mettre en œuvre un "programme de recherche" pour le développement de compétences essentielles pour la nanoélectronique dans différents domaines d'application ainsi qu'à créer des synergies parmi les parties prenantes de l'industrie de la nanoélectronique [Règlement 72/2008]. L'entreprise commune Clean Sky a pour objectifs: (a) d'accélérer la mise au point, la validation et la démonstration de technologies de transport aérien propres; (b) de garantir la mise en œuvre cohérente des efforts de recherche européens ciblés sur des améliorations environnementales dans le domaine du transport aérien; (c) de limiter les incidences environnementales du transport aérien par une réduction significative du bruit et des émissions de gaz et l'amélioration de la consommation de carburant des aéronefs; et (d) d'accélérer la production de nouvelles connaissances, l'innovation et l'utilisation des résultats de la recherche afin de renforcer la compétitivité industrielle [Règlement 71/2008]. L’initiative technologique conjointe sur les piles à combustible et l’hydrogène ("entreprise commune PCH") vise à mettre l’Europe à l’avant-garde mondiale des technologies des piles à combustibles et de l’hydrogène et à permettre la percée commerciale des technologies des piles à combustible et de l’hydrogène [Règlement 521/2008, mod. en dernier lieu par règlement 1183/2011].
Le projet de recherche sur la fusion Joint European Torus (JET), lancé en 1978 [Décision 2002/837, voir la section 18.3.2], a réalisé tous ses objectifs, notamment la démonstration de la libération de quantités importantes d'énergie de fusion de façon contrôlée. La Communauté a joué un rôle essentiel dans la mise au point du projet international représentant une nouvelle étape dans le domaine de la fusion (ITER), qui a abouti, en 2001, à un projet détaillé complet pour une installation expérimentale, visant à démontrer la faisabilité de la fusion en tant que source d'énergie. Les sept parties aux négociations relatives à ITER (Euratom, République populaire de Chine, Inde, Japon, République de Corée, Russie et États-Unis), ont conclu l'accord sur l'établissement de l'organisation internationale ITER pour l'énergie de fusion en vue de la mise en œuvre conjointe du projet ITER, dont le siège est à Saint-Paul-lès-Durance (Bouches-du-Rhône), en France [Accord et décision 2006/943]. L'organisation ITER assume l'entière responsabilité de la construction, du fonctionnement, de l'exploitation et de la désactivation des installations ITER. Le projet international vise à démontrer la faisabilité scientifique et technique de l'énergie de fusion à des fins pacifiques, dont un élément essentiel sera de parvenir à une production de puissance soutenue à partir de la fusion, qui pourrait garantir la sécurité et la diversité de l'approvisionnement énergétique à long terme de la Communauté.
Les fonctions de l'organisation ITER sont notamment: de (a) construire, mettre en service, exploiter et désactiver les installations ITER et (b) encourager l'exploitation des installations ITER par les laboratoires, les autres institutions et le personnel participant aux programmes des membres pour la recherche et le développement dans le domaine de l'énergie de fusion. L'Euratom et le Japon ont conclu un accord bilatéral pour la mise en œuvre conjointe des activités relevant de "l'approche élargie", qui prévoit des activités complémentaires de recherche conjointe sur la fusion [Décision 2007/614]. Le Conseil européen (26-27 novembre 2003) a autorisé la Commission à proposer la France comme l'État d'accueil d'ITER et Cadarache comme le site d'ITER.
L'importance fondamentale du projet ITER et des activités relevant de l'approche élargie pour l'exploitation de la fusion en tant que source d'énergie potentiellement illimitée, sûre, durable, respectueuse de l'environnement et économiquement compétitive a imposé la constitution de l'agence domestique de l'Euratom en une entreprise commune, telle que prévue au chapitre 5 du traité Euratom. L'entreprise commune européenne pour ITER et le développement de l'énergie de fusion, ayant son siège à Barcelone, a été constituée pour une période de trente-cinq ans débutant le 19 avril 2007 [Décision 2007/198]. L'entreprise commune a notamment pour mission: (a) d'apporter la contribution de la Communauté européenne de l'énergie atomique (Euratom) à l'organisation internationale ITER et aux activités relevant de l'approche élargie avec le Japon en vue de la réalisation rapide de l'énergie de fusion. Les membres de l'entreprise commune sont: (a) l'Euratom, représentée par la Commission; (b) les États membres de l'Euratom; (c) les pays tiers qui ont conclu, dans le domaine de la fusion nucléaire contrôlée, un accord de coopération avec l'Euratom et qui ont exprimé le souhait de devenir membres de l'entreprise commune.
En 1992, la Communauté, les États-Unis, le Japon et la Russie ont conclu un accord établissant un centre international pour la science et la technologie (CIST) [Règlements 3955/92 et 3956/92 et règlement 501/94]. Établi à Moscou, le CIST est destiné à réorienter les scientifiques et ingénieurs de l'ancienne Union soviétique spécialisés dans la recherche dans le domaine militaire vers des applications pacifiques de leur savoir-faire [Règlement 1766/98 et règlement 2387/98].
La coopération scientifique de l'UE avec les pays du tiers monde fait partie du programme cadre R & D. Le programme de recherche dans le domaine des sciences et technologies pour le développement couvre les domaines de l'agriculture tropicale (amélioration de la production par les systèmes adaptés aux conditions locales, restauration de l'environnement) ainsi que de la médecine, de la santé et de la nutrition (nouvelles méthodes de diagnostic et de traitement des maladies, amélioration de l'état nutritionnel des populations) [COM/96/344].
L'Euratom a conclu des accords de coopération concernant l'utilisation pacifique de l'énergie atomique avec les Républiques de l'Ouzbékistan [Accord et décision 2003/744] et du Kazakhstan [Accord et décision 2004/282]. De son côté, la Communauté européenne a conclu des accords de coopération scientifique et technologique avec le Canada [Accord et décision 96/219], l'Afrique du Sud [Accord et décision 97/763], la République de l'Inde [Accord et décision 2002/648], le Chilie [Accord et décision 2003/589], l'Ukraine [Accord et décision 2003/737], le Maroc [Accord et décision 2004/126], les Etats-Unis [Accord et décision 2004/756], la Tunisie [Accord et décision 2004/127], l'Egypte [Accord et décision 2005/492], le Brésil [Accord et décision 2005/781], le Mexique [Accord et décision 2005/766], l'Israël [Accord, et décision 2007/585] et la République de Corée [Accord et décision 2007/241]. En énonçant les domaines et les formes des activités de coopération (projets de recherche commune, visites et échanges de chercheurs, etc.), ces accords visent à encourager, développer et faciliter les activités de coopération dans de domaines de recherche et de développement technologique d'intérêt commun.