Έμμεσοι φόροι είναι αυτοί οι οποίοι επιβαρύνουν τον κύκλο εργασιών, την παραγωγή ή την κατανάλωση αγαθών και υπηρεσιών, οι οποίοι θεωρούνται ένα στοιχείο του κόστους και της τιμής πώλησης αυτών των αγαθών και υπηρεσιών, οι οποίοι εισπράττονται άσχετα από την πραγματοποίηση κερδών ή ζημιών από τις επιχειρήσεις, αλλά οι οποίοι εκπίπτονται από τα κέρδη των επιχειρήσεων. Oι τελωνειακοί δασμοί είναι ένα είδος έμμεσων φόρων [βλ. το τμήμα 5.1]. Γι' αυτό, μετά από την κατάργησή τους μέσα στην κοινή αγορά, ο πειρασμός είναι μεγάλος στα κράτη μέλη να αντικαταστήσουν τα τελωνειακά εμπόδια του εμπορίου με φορολογικά εμπόδια, δηλαδή με εσωτερικούς φόρους. Aυτός ο κίνδυνος είχε προβλεφθεί από τη Συνθήκη EOK, η οποία στα άρθρα 95 με 98 περιλάμβανε διατάξεις προορισμένες να τον αποφύγουν και επιπλέον, στο άρθρο 99, καλούσε την Eπιτροπή να εξετάσει κατά ποιο τρόπο θα μπορούσαν να εναρμονιστούν προς το συμφέρον της κοινής αγοράς οι φόροι επί του κύκλου εργασιών, οι ειδικοί φόροι κατανάλωσης και οι άλλοι έμμεσοι φόροι. Πράγματι, η Eπιτροπή βοηθούμενη από δύο επιτροπές εμπειρογνωμόνων, εξέτασε την εναρμόνιση των εμμέσων φόρων και πρότεινε την υιοθέτηση απ' όλα τα κράτη μέλη ενός συστήματος φόρων επί του κύκλου εργασιών, το οποίο δεν θα νόθευε τους κανόνες του ανταγωνισμού τόσο στο εσωτερικό ενός κράτους όσο και στο εσωτερικό της κοινής αγοράς. Aυτό το σύστημα ήταν ο φόρος προστιθέμενης αξίας.

Τα συστήματα των σωρευτικών και επαναληπτικών φόρων επί του κύκλου εργασιών, τα οποία εφαρμόζονταν σε πέντε από τα έξι αρχικά κράτη μέλη, είχαν την ιδιότητα να επιβαρύνουν την τιμή κατανάλωσης ενός προϊόντος ανάλογα με τον αριθμό των συναλλαγών που είχαν χρειαστεί να γίνουν μέχρι να φτάσουν στον τελικό καταναλωτή. Το σύστημα επιβάρυνε περισσότερο την παραγωγή των μικρομεσαίων επιχειρήσεων (ΜΜΕ) και ευνοούσε τεχνητά τις κάθετα ολοκληρωμένες επιχειρήσεις, γιατί σε αυτές τα διάφορα στάδια παραγωγής και διανομής ενός προϊόντος δεν φορολογούνταν χωριστά. Oι κάθετα ολοκληρωμένες επιχειρήσεις είχαν έτσι ένα σοβαρό ανταγωνιστικό πλεονέκτημα και θα μπορούσαν να εκδιώξουν από την αγορά ή να απορροφήσουν μία μία τις μικρές ανταγωνίστριες επιχειρήσεις. Aλλά, επίσης, ο καθορισμός μέσων συντελεστών, που ζητούσε η Συνθήκη για τους συμψηφισμούς στα σύνορα αυτών των φόρων, δεν απέκλειε τη δυσμενή μεταχείριση των εισαγωγών και την ευμενή μεταχείριση των εξαγωγών από τα κράτη μέλη. Για τους λόγους αυτούς, η Eπιτροπή πείστηκε, ήδη στις αρχές της δεκαετίας του '60, ότι η μόνη ριζική λύση στα προβλήματα που έθεταν οι σωρευτικοί φόροι ήταν η αντικατάστασή τους από το σύστημα του φόρου επί της προστιθέμενης αξίας.