Les impôts indirects sont ceux qui frappent le chiffre d'affaires, la production ou la consommation de biens et de services, qui sont censés être un élément des prix de revient et de vente, qui sont perçus indépendamment de la réalisation de bénéfices, voire même de revenus, mais qui sont déductibles lors de la détermination des bénéfices. Les droits de douane sont une sorte d'impôts indirects [voir la section 5.1]. C'est pourquoi, comme suite à leur suppression dans un marché commun, la tentation des États membres augmente de remplacer les entraves douanières aux échanges par des entraves fiscales, c'est-à-dire par des taxes intérieures. Ce risque était prévu par le traité CEE qui, dans ses articles 95 à 98, contenait des dispositions destinées à l'éviter et, de plus, dans son article 99 invitait la Commission à examiner de quelle façon des législations relatives aux taxes sur le chiffre d'affaires, aux droits d'accises et d'autres impôts indirects pourraient être harmonisées dans l'intérêt du marché commun. En effet, la Commission, aidée par deux comités d'experts, examina l'harmonisation des impôts indirects et proposa l'adoption par tous les États membres d'un système de taxe sur le chiffre d'affaires ne faussant pas les conditions de concurrence tant à l'intérieur d'un pays qu'entre les États membres. Un tel système était la taxe sur la valeur ajoutée.

Le système des taxes cumulatives à cascade, qui était pratiqué par cinq des six pays de la Communauté originelle, avait comme particularité de frapper de la taxe sur le chiffre d'affaires les matières premières, les semi-produits, les parties composantes et les produits finis chaque fois qu'ils étaient vendus d'une firme à une autre. La conséquence en était que les taxes ayant frappé les différents stades de production d'un produit chargeaient son prix à la consommation d'autant plus qu'il avait fallu de transactions nombreuses pour le fabriquer et le distribuer. La production des petites et moyennes entreprises (PME) était donc plus lourdement taxée que celles des multinationales. Par ailleurs, étant donné la complexité inhérente aux taxes à cascade, la fixation de taux moyens pour les compensations aux frontières de ces taxes n'excluait pas un traitement défavorable des importations et un traitement favorable des exportations. Pour toutes ces raisons, déjà au début des années 60, la Commission était convaincue que la seule solution radicale aux problèmes posés par les taxes cumulatives à cascade était leur remplacement par la taxe à la valeur ajoutée.