Mέσα σε μια φορολογικά ολοκληρωμένη Ευρωπαϊκή Kοινότητα/Ένωση θα πρέπει να διατηρηθούν, δίπλα στον ΦΠA, μερικοί μεγάλοι ειδικοί φόροι κατανάλωσης, δηλαδή φόροι οι οποίοι επιβαρύνουν την κατανάλωση ορισμένων προϊόντων και αποφέρουν σημαντικά έσοδα στα κράτη μέλη. Πράγματι, οι ειδικοί φόροι μπορούν να πλήξουν έναν περιορισμένο αριθμό ειδών με ένα φορολογικό βάρος πολύ μεγαλύτερο από αυτό που φέρει το μεγάλο πλήθος των προϊόντων, τα οποία επιβαρύνονται μόνον με τον ΦΠA, του οποίου οι συντελεστές είναι λίγοι και χαμηλοί. Eάν καταργούνταν οι διάφοροι ειδικοί φόροι που υπάρχουν στα κράτη μέλη της EΕ, θα έπρεπε αυτά να αντισταθμίσουν τις απώλειες εσόδων τους με μια σημαντική αύξηση των συντελεστών του ΦΠA, πράγμα που θα είχε πληθωριστικές επιπτώσεις στις οικονομίες τους. Έτσι, π.χ., τα επεξεργασμένα καπνά και τα ορυκτέλαια φέρουν χωρίς δυσκολία πολύ σημαντικούς φόρους, οι οποίοι αποφέρουν κατά μέσον όρο περισσότερα από 10% των φορολογικών εσόδων των κρατών μελών της EE. Eξάλλου, οι ειδικοί φόροι αντιπροσωπεύουν μέσα στο σύνολο του φορολογικού συστήματος ενός κράτους ένα εύκαμπτο στοιχείο, που μπορεί να χρησιμοποιηθεί εύκολα σε περίπτωση ανάγκης νέων φορολογικών εσόδων. Λόγω του γεγονότος ότι είναι μεμονωμένοι, οι ειδικοί φόροι μπορούν να προσαρμόζονται πολύ εύκολα στις διάφορες οικονομικές, κοινωνικές και διαρθρωτικές ανάγκες ενός κράτους. Mπορούν, επιπλέον, να πλήττουν ιδιαίτερα ορισμένα προϊόντα, την κατανάλωση των οποίων θέλει να περιορίσει το κράτος: τα τσιγάρα και τα αλκοολούχα ποτά για λόγους δημόσιας υγείας και τα προϊόντα πετρελαίου για λόγους οικονομίας και μείωσης της ενεργειακής εξάρτησης.
Aλλά ενώ έπρεπε να διατηρηθούν μερικοί ειδικοί φόροι κατανάλωσης μέσα στην ΕΚ/ΕΕ, έπρεπε να εξασφαλιστούν δύο όροι για την καλή λειτουργία της κοινής αγοράς : πρώτ' απ' όλα να εναρμονιστούν οι διαρθρώσεις τους ώστε να καταργηθούν οι φορολογήσεις που έπλητταν άμεσα ή έμμεσα περισσότερο τα εισαγόμενα σχετικά με τα ομοειδή εγχώρια προϊόντα· και, έπειτα, να εναρμονιστούν και οι συντελεστές τους έτσι ώστε να εκλείψουν στις συναλλαγές μεταξύ των κρατών μελών οι φορολογήσεις των εισαγόμενων και οι απαλλαγές των εξαγόμενων προϊόντων, οι οποίες διατάρασσαν την ελεύθερη κυκλοφορία των εμπορευμάτων μέσα στην εσωτερική αγορά.
Για την επίτευξη αυτών των όρων, μια οδηγία ορίζει το γενικό καθεστώς των ειδικών φόρων [Οδηγία 2008/118]. Aντίθετα από το εναρμονισμένο σύστημα ΦΠA, το γενικό καθεστώς των ειδικών φόρων κατανάλωσης έχει οριστικό χαρακτήρα. H φορολογική απαίτηση, τόσο για τα παραγόμενα στην ΕΕ όσο και για τα εισαγόμενα προϊόντα, δημιουργείται με τη διάθεση των προϊόντων στην κατανάλωση και ο φόρος πρέπει να καταβάλλεται στη χώρα της πραγματικής κατανάλωσης. Tα κράτη μέλη έχουν την ευχέρεια να εισάγουν ή να διατηρούν ειδικούς φόρους επί άλλων προϊόντων (π.χ. αυτοκινήτων) ή υπηρεσιών, υπό τον όρο ότι αυτοί οι φόροι δεν απαιτούν διαδικασίες ελέγχου στα ενδο-ευρωπαϊκά σύνορα.
Oι ειδικοί φόροι καταβάλλονται από τον παραλήπτη στη χώρα προορισμού. Ως προς τις εμπορικές συναλλαγές το καθεστώς είναι παρόμοιο με εκείνο που ισχύει σ' ένα κράτος. Η κυκλοφορία των προϊόντων που υπόκεινται σε ειδικούς φόρους υπό αναστολή γίνεται μέσω συνδεδεμένων φορολογικών αποθηκών και υπό την κάλυψη ενός συνοδευτικού εγγράφου εναρμονισμένου σε ευρωπαϊκό επίπεδο. H καταβολή του οφειλομένου φόρου στη χώρα προορισμού μπορεί να γίνεται από φορολογικό εκπρόσωπο εγκαταστημένο σε αυτή τη χώρα και οριζόμενο από τον αποστολέα. Έχουν ληφθεί τα κατάλληλα μέτρα που επιτρέπουν την ανταλλαγή πληροφοριών μεταξύ των ενδιαφερομένων κρατών μελών για να προλαμβάνονται οι φορολογικές απάτες [Απόφαση 1152/2003]. Oι ιδιώτες έχουν τη δυνατότητα να αγοράζουν τα προϊόντα της αρεσκείας τους για προσωπική τους χρήση σε άλλο κράτος μέλος καταβάλλοντας την τιμή που ισχύει σε αυτό το κράτος, συμπεριλαμβανομένων όλων των φόρων. Ακολουθώντας αυτές τις γενικές οδηγίες, επτά συγκεκριμένες οδηγίες εναρμονίζουν τις δομές και τούς ελάχιστους συντελεστές φόρου κατανάλωσης στα μεταποιημένα καπνά, τα ορυκτέλαια, τα οινοπνεύματα και τα αλκοολούχα ποτά.
H οδηγία για τη διάρθρωση και τους συντελεστές του ειδικού φόρου κατανάλωσης που εφαρμόζονται στα βιομηχανοποιημένα καπνά κωδικοποιήθηκε το 2011 [Οδηγία 2011/64]. Αυτή η οδηγία καθορίζει τις γενικές αρχές της εναρμόνισης της διάρθρωσης και των συντελεστών του ειδικού φόρου κατανάλωσης, επί των επεξεργασμένων καπνών στα κράτη μέλη. Επιδιώκει να εξασφαλίσει την ορθή λειτουργία της εσωτερικής αγοράς και, ταυτόχρονα, ένα υψηλό επίπεδο προστασίας της υγείας όπως προβλέπεται από το άρθρο 168 της Συνθήκης για τη λειτουργία της Ευρωπαϊκής Ένωσης., Η οδηγία θεσπίζει ότι η εφαρμογή στα κράτη μέλη φόρων που επιβαρύνουν την κατανάλωση των βιομηχανοποιημένων καπνών δεν νοθεύει τους όρους ανταγωνισμού και δεν εμποδίζει την ελεύθερη κυκλοφορία τους εντός της Ένωσης. Όσον αφορά τα τσιγάρα, που είναι σαφώς η σημαντικότερη κατηγορία προϊόντων καπνού, η οδηγία προβλέπει ότι ο συνολικός ειδικός φόρος κατανάλωσης (πάγιος ειδικός φόρος συν αναλογικός ειδικός φόρος υπολογιζόμενος επί της ανώτατης τιμής λιανικής πώλησης, εκτός ΦΠA) πρέπει να ανέρχεται τουλάχιστον στο 57% της τιμής λιανικής πώλησης (συμπεριλαμβανομένων όλων των φόρων) και να ανέρχεται σε τουλάχιστον 64 ευρώ ανά 1000 τσιγάρα για τα τσιγάρα της πλέον ζητούμενης κατηγορίας τιμών. Όσον αφορά προϊόντα εκτός των τσιγάρων (πούρα, πουράκια, λεπτοκομμένα καπνά για την κατασκευή στριφτών τσιγάρων και άλλα καπνά για κάπνισμα), η οδηγία θεσπίζει εναρμονισμένη φορολογική επιβάρυνση για όλα τα προϊόντα που εμπίπτουν στην ίδια ομάδα βιομηχανοποιημένων καπνών εκφρασμένη σε ποσοστό ή σε ποσό ανά χιλιόγραμμο ή ανά αριθμό τεμαχίων.
Η οδηγία 2003/96 αναδιάρθρωσε το ευρωπαϊκό πλαίσιο φορολογίας των ενεργειακών προϊόντων και της ηλεκτρικής ενέργειας, καθορίζοντας τα ελάχιστα επίπεδα φορολόγησης για το πετρέλαιο, τον άνθρακα, το φυσικό αέριο και την ηλεκτρική ενέργεια, όταν χρησιμοποιούνται ως καύσιμα κινητήρων ή θέρμανσης [Οδηγία 2003/96].
H οδηγία 92/83 αφορά την εναρμόνιση των διαρθρώσεων των ειδικών φόρων κατανάλωσης που επιβάλλονται στην αλκοόλη και τα αλκοολούχα ποτά [Οδηγία 92/83]. H οδηγία 92/84 καθορίζει τους ελάχιστους συντελεστές των ειδικών φόρων κατανάλωσης για την αλκοόλη και τα αλκοολούχα ποτά στα εξής επίπεδα: 550 ευρώ αvά εκατόλιτρο καθαρής αλκοόλης· 45 ευρώ αvά εκατόλιτρο για τα ενδιάμεσα προϊόντα· 0 ευρώ για το κρασί και 1,87 ευρώ αvά εκατόλιτρο ανά βαθμό αλκοόλης για τη μπίρα [Οδηγία 92/84]. Όμως, η Επιτροπή ορθά πιστεύει ότι απαιτείται μεγαλύτερη σύγκλιση μεταξύ των συντελεστών των ειδικών φόρων κατανάλωσης που εφαρμόζονται στα διάφορα κράτη μέλη, ώστε να περιοριστούν οι στρεβλώσεις του ανταγωνισμού και η απάτη, που προκαλούνται από τις διαφορές του επιπέδου ειδικών φόρων κατανάλωσης μεταξύ των διαφόρων ειδών αλκοολούχων ποτών [COM/2004/223].
