Η μέθοδος λήψης των αποφάσεων για την ΚΕΠΠΑ διαφέρει πολύ από τη συνήθη νομοθετική διαδικασία που διέπει τις άλλες δραστηριότητες της Ένωσης [βλ. το τμήμα 4.3.]. Ακόμη και μετά τις βελτιώσεις που έφερε η Συνθήκη της Λισαβόνας, αυτή η πολιτική διέπεται από ειδικούς κανόνες και διαδικασίες. Χαράσσεται και υλοποιείται από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο και το Συμβούλιο, τα οποία αποφασίζουν με ομοφωνία, πλην των περιπτώσεων στις οποίες οι Συνθήκες ορίζουν άλλως. Η θέσπιση νομοθετικών πράξεων αποκλείεται (άρθρο 24 ΣΕΕ). Κατά παρέκκλιση από τον κανόνα της ομοφωνίας, το Συμβούλιο αποφασίζει με ειδική πλειοψηφία, όταν εκδίδει απόφαση που καθορίζει δράση ή θέση της Ένωσης βάσει απόφασης ή συγκεκριμένου αιτήματος του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου (άρθρο 31 ΣΕΕ). Το Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης δεν έχει αρμοδιότητα όσον αφορά τις διατάξεις σχετικά με την κοινή εξωτερική πολιτική και πολιτική ασφαλείας, ούτε όσον αφορά τις πράξεις που θεσπίζονται βάσει αυτών (άρθρο 275 ΣΛΕΕ).
Οι αποφάσεις του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου ως προς τα στρατηγικά συμφέροντα και τους στόχους της Ένωσης αφορούν την κοινή εξωτερική πολιτική και πολιτική ασφάλειας καθώς και άλλους τομείς που εμπίπτουν στην εξωτερική δράση της Ένωσης. Μπορούν να αφορούν τις σχέσεις της Ένωσης με μια χώρα ή μια περιοχή, ή να έχουν θεματική προσέγγιση. Προσδιορίζουν τη διάρκειά τους και τα μέσα που θα πρέπει να παράσχουν η Ένωση και τα κράτη μέλη. Ο ύπατος εκπρόσωπος της Ένωσης για θέματα εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφαλείας, όσον αφορά τα θέματα της κοινής εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφάλειας, και η Επιτροπή, όσον αφορά τους άλλους τομείς εξωτερικής δράσης, μπορούν να υποβάλλουν στο Συμβούλιο κοινές προτάσεις (άρθρο 22 ΣΕΕ).
Όταν μια διεθνής κατάσταση απαιτεί επιχειρησιακή δράση εκ μέρους της Ένωσης, το Συμβούλιο εκδίδει τις αναγκαίες αποφάσεις. Προσδιορίζουν τους στόχους τους, το πεδίο εφαρμογής τους, τα μέσα που πρέπει να τεθούν στη διάθεση της Ένωσης, τις προϋποθέσεις εφαρμογής τους και, εφόσον είναι απαραίτητο, τη διάρκειά τους. Αυτές οι αποφάσεις δεσμεύουν τα κράτη μέλη όσον αφορά τις θέσεις που υιοθετούν και τη διεξαγωγή της δράσης τους. Κάθε θέση ή δράση κράτους μέλους η οποία σχεδιάζεται κατ' εφαρμογή απόφασης του Συμβουλίου γνωστοποιείται από το ενδιαφερόμενο κράτος μέλος εντός προθεσμίας η οποία επιτρέπει, εάν είναι αναγκαίο, προηγούμενη συνεννόηση στα πλαίσια του Συμβουλίου (άρθρο 28 ΣΕΕ).
Το Συμβούλιο εκδίδει αποφάσεις οι οποίες καθορίζουν τη στάση της Ένωσης επί συγκεκριμένου ζητήματος γεωγραφικής ή θεματικής φύσεως. Τα κράτη μέλη μεριμνούν ώστε οι εθνικές τους πολιτικές να συνάδουν προς τις θέσεις της Ένωσης (άρθρο 29 ΣΕΕ). Τα κράτη μέλη συνεννοούνται μεταξύ τους στα πλαίσια του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου και του Συμβουλίου για κάθε ζήτημα εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφαλείας που παρουσιάζει γενικό ενδιαφέρον, προκειμένου να καθορίσουν κοινή προσέγγιση. Πριν να αναλάβει διεθνώς οποιαδήποτε δράση ή οποιαδήποτε δέσμευση που θα μπορούσε να επηρεάσει τα συμφέροντα της Ένωσης, κάθε κράτος μέλος πρέπει να διαβουλεύεται με τα άλλα κράτη μέλη στο πλαίσιο του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου ή του Συμβουλίου. Τα κράτη μέλη είναι αλληλέγγυα μεταξύ τους (άρθρο 32 ΣΕΕ). Στους διεθνείς οργανισμούς και στις διεθνείς διασκέψεις στις οποίες δεν συμμετέχουν όλα τα κράτη μέλη, τα κράτη μέλη που συμμετέχουν οφείλουν να υποστηρίζουν τις θέσεις της Ένωσης (άρθρο 34 ΣΕΕ).
Η «εποικοδομητική αποχή» επιτρέπει σε ορισμένα κράτη μέλη να μη συμμετέχουν σε κοινή δράση, διευκολύνοντας έτσι την υιοθέτηση πρωτοβουλιών, που υποστηρίζονται από τα περισσότερα κράτη μέλη (τα δύο τρίτα της ειδικής πλειοψηφίας). Όπως είδαμε παραπάνω, οι αποφάσεις ΚΕΠΠΑ λαμβάνονται ομοφώνως από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο ή το Συμβούλιο, αλλά ένα μέλος του Συμβουλίου μπορεί να απόσχει από τη ψηφοφορία για να επιτρέψει τη λήψη αποφάσεως. Σε αυτή την περίπτωση, παρόλο που δεν υποχρεούται να εφαρμόσει την απόφαση, αποδέχεται ότι η απόφαση αυτή δεσμεύει την Ένωση και απέχει από οποιαδήποτε δράση, η οποία ενδέχεται να αντιτίθεται ή να εμποδίζει τη δράση της Ένωσης που βασίζεται σε αυτή την απόφαση. Εάν τα απέχοντα μέλη αντιπροσωπεύουν πλέον του ενός τρίτου των ψήφων στο Συμβούλιο, η απόφαση δεν λαμβάνεται (άρθρο 31 ΣΕΕ).
Για αποφάσεις που δεν έχουν στρατιωτικές συνέπειες ή συνέπειες στην άμυνα, το Συμβούλιο αποφασίζει με ειδική πλειοψηφία, όταν εκδίδει απόφαση που καθορίζει δράση ή θέση της Ένωσης βάσει απόφασης ή κατόπιν συγκεκριμένου αιτήματος του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου Αν, όμως, μέλος του Συμβουλίου δηλώσει ότι, για ζωτικούς και δεδηλωμένους λόγους εθνικής πολιτικής, προτίθεται να αντιταχθεί στη λήψη απόφασης με ειδική πλειοψηφία, το Συμβούλιο δύναται, με ειδική πλειοψηφία να ζητήσει την παραπομπή του θέματος στο Ευρωπαϊκό Συμβούλιο, για λήψη απόφασης με ομοφωνία (άρθρο 31 ΣΕΕ). Η δυνατότητα του βέτο παραμένει, αν και ένα κράτος μέλος πρέπει να δώσει εξηγήσεις για να τη χρησιμοποιήσει. Τέτοιες εξηγήσεις δεν μπορούν να αποτρέψουν το βέτο, αν ένα κράτος μέλος είναι αποφασισμένο να υπερασπίσει τα συμφέροντά του, τα οποία αποκλίνουν από εκείνα της πλειοψηφίας. Συνάγεται ότι η μέθοδος της ΚΕΠΠΑ είναι μια βελτιωμένη μέθοδος διακυβερνητικής συνεργασίας, αλλά όχι τίποτα περισσότερο. Ακόμη και με τις βελτιώσεις που προβλέπει η Συνθήκη της Λισαβόνας, η εξωτερική πολιτική και η πολιτική ασφάλειας δεν μπορεί να γίνει «κοινή πολιτική» με τα μέσα που τίθενται στη διάθεσή της.
Oι διοικητικές δαπάνες της ΚΕΠΠΑ βαρύνουν τον προϋπολογισμό της Ένωσης. Οι λειτουργικές δαπάνες βαρύνουν επίσης τον προϋπολογισμό της Ένωσης, πλην των δαπανών που οφείλονται σε ενέργειες που έχουν στρατιωτικές συνέπειες ή συνέπειες στην άμυνα και των περιπτώσεων όπου το Συμβούλιο λαμβάνει ομόφωνα διαφορετική απόφαση. Στις περιπτώσεις που οι δαπάνες δεν καταλογίζονται στον προϋπολογισμό της Ένωσης, αυτές βαρύνουν τα κράτη μέλη σύμφωνα με την κλείδα ακαθάριστου εθνικού προϊόντος, εκτός εάν το Συμβούλιο λάβει ομόφωνα διαφορετική απόφαση (άρθρο 41 ΣΕΕ).
Ένα ινστιτούτο μελετών ασφάλειας της Ευρωπαϊκής Ένωσης -με έδρα το Παρίσι - [Κοινή Δράση 2001/554] και ένα δορυφορικό κέντρο της Ευρωπαϊκής Ένωσης -με έδρα την πόλη Torrejón de Ardoz (Ισπανία) - [Κοινή Δράση 2001/555] υποστηρίζουν τη διαδικασία λήψης αποφάσεων της Ευρωπαϊκής Ένωσης στο πλαίσιο της ΚΕΠΠΑ, και ιδίως της ΕΠΑΑ, και συμβάλλουν στην ανάπτυξή της, ιδιαίτερα με τη διεξαγωγή ερευνών και αναλύσεων στους σχετικούς τομείς.
