La méthode de prise des décisions concernant la PESC est bien différente de la procédure législative ordinaire qui régi toutes les autres activités de l'UE [voir la section 4.3.]. Même avec les améliorations apportées par le traité de Lisbonne, la politique étrangère et de sécurité ne peut pas devenir "une politique commune" par les moyens mis à sa disposition. Elle est définie et mise en œuvre par le Conseil européen et le Conseil, qui statuent à l'unanimité, sauf dans les cas où les traités en disposent autrement. L'adoption d'actes législatifs est exclue (article 24 TUE). Par dérogation à la règle de l'unanimité, le Conseil statue à la majorité qualifiée: lorsqu'il adopte une décision qui définit une action ou une position de l'Union sur la base d'une décision ou d'une demande spécifique du Conseil européen (article 31 TUE). La Cour de justice de l'Union européenne n'est pas compétente en ce qui concerne les dispositions relatives à la politique étrangère et de sécurité commune, ni en ce qui concerne les actes adoptés sur leur base (article 275 TFUE).
Les décisions du Conseil européen peuvent concerner les relations de l'Union avec un pays ou une région, ou avoir une approche thématique. Elles définissent leur durée et les moyens que devront fournir l'Union et les États membres. Le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, pour le domaine de la politique étrangère et de sécurité commune, et la Commission, pour les autres domaines de l'action extérieure, peuvent présenter des propositions conjointes au Conseil (article 22 TUE).
Lorsqu'une situation internationale exige une action opérationnelle de l'Union, le Conseil adopte les décisions nécessaires. Elles fixent leurs objectifs, leur portée, les moyens à mettre à la disposition de l'Union, les conditions relatives à leur mise en œuvre et, si nécessaire, leur durée. Ces décisions engagent les États membres dans leurs prises de position et dans la conduite de leur action. Toute prise de position ou toute action nationale envisagée en application d'une décision du Conseil fait l'objet d'une information par l'État membre concerné dans des délais permettant, en cas de nécessité, une concertation préalable au sein du Conseil (article 28 TUE).
Le Conseil adopte des décisions qui définissent la position de l'Union sur une question particulière de nature géographique ou thématique. Les États membres veillent à la conformité de leurs politiques nationales avec les positions de l'Union (article 29 TUE). Les États membres se concertent au sein du Conseil européen et du Conseil sur toute question de politique étrangère et de sécurité présentant un intérêt général, en vue de définir une approche commune. Avant d'entreprendre toute action sur la scène internationale ou de prendre tout engagement qui pourrait affecter les intérêts de l'Union, chaque État membre consulte les autres au sein du Conseil européen ou du Conseil. Les États membres sont solidaires entre eux (article 32 TUE). Au sein des organisations internationales et lors des conférences internationales auxquelles tous les États membres ne participent pas, ceux qui y participent défendent les positions de l'Union (article 34 TUE).
L'ainsi dite "abstention constructive" permettrait à certains États membres de ne pas participer à une action commune, facilitant ainsi l’adoption d’initiatives largement majoritaires (deux tiers de la majorité pondérée). Comme vu ci-desus, les décisions concernant la PESC sont prises par le Conseil européen ou le Conseil statuant à l’unanimité, mais un État membre peut s’abstenir pour permettre la prise d’une décision. Dans un tel cas, il n’est pas tenu d’appliquer la décision, mais il accepte que la décision engage l'Union et doit s’abstenir de toute action susceptible d’entrer en conflit ou de faire obstacle à l’action de l'Union fondée sur cette décision. Si les membres qui s’abstiennent représentent plus du tiers des voix dans le Conseil, la décision n’est pas adoptée (article 31 TUE).
Pour les questions n’ayant pas des implications militaires ou de défense, le Conseil peut statuer à la majorité qualifiée, lorsqu'il adopte une décision qui définit une action ou une position de l'Union sur la base d'une décision ou à la suite d'une demande spécifique du Conseil européen. Toutefois, si un membre du Conseil déclare que, pour des raisons de politique nationale vitales qu’il expose, il a l’intention de s’opposer à l’adoption d’une décision à la majorité qualifiée, le Conseil, statuant à la majorité qualifiée, peut demander que le Conseil européen soit saisi de la question, en vue d’une décision à l’unanimité (article 31 TUE). La possibilité de blocage par le veto subsiste, quoiqu’un État membre doive fournir quelques explications pour l'employer. Cependant, de telles explications ne pourraient pas dissuader le veto, si un État membre était déterminé de défendre ses intérêts, qui divergeraient de ceux de la majorité. Il apparaît que la méthode de la PESC est une méthode améliorée de coopération intergouvernementale, qui ne mène pas très loin. Même avec les améliorations apportées par le traité de Lisbonne, la politique étrangère et de sécurité ne peut pas devenir "une politique commune" par les moyens mis à sa disposition.
Les dépenses administratives relatives à la PESC sont imputées au budget de l'Union. Les dépenses opérationnelles sont également à la charge du budget de l'Union, à l'exception des dépenses afférentes à des opérations ayant des implications militaires ou dans le domaine de la défense et des cas où le Conseil en décide autrement à l'unanimité. Quand une dépense n'est pas mise à la charge du budget de l'Union, elle est à la charge des États membres selon la clé du produit national brut, à moins que le Conseil, statuant à l'unanimité, n'en décide autrement (article 41 TUE).
Un Institut d'études de sécurité de l'Union européenne - dont le siège est fixé à Paris – [Action commune 2001/554] et un Centre satellitaire de l'Union européenne - dont le siège est fixé à Torrejón de Ardoz (Espagne) - [Action commune 2001/555] soutiennent le processus de décision de l'Union européenne dans le cadre de la PESC, notamment de la PESD, et contribuent à son développement, notamment en effectuant des recherches et des analyses dans des domaines pertinents.
