Χάρη στη συνήθη νομοθετική διαδικασία της ΕΕ, η οποία αντικατέστησε την «κοινοτική μέθοδο» λήψης των αποφάσεων [βλ. το τμήμα 4.3], τα συχνά συγκρουόμενα εθνικά συμφέροντα περνούν διαδοχικά από τα φίλτρα τριών θεσμικών οργάνων που το καθένα υπερασπίζει διαφορετικά αν και συμπληρωματικά συμφέροντα: η Επιτροπή, το κοινό συμφέρον, το Συμβούλιο, τα συμφέροντα των κρατών μελών και το Κοινοβούλιο, τα συμφέροντα των πολιτών της Ένωσης. Οι ευρωπαϊκές πολιτικές σπάνια - για να μην πούμε ουδέποτε - μπορούν να προωθήσουν τα συμφέροντα ορισμένων κρατών μελών εις βάρος εκείνων κάποιων άλλων. Καθώς τέτοια φίλτρα δεν υπάρχουν σε μια συμφωνία διακυβερνητικής συνεργασίας, αν αυτή επιδίωκε να εξυπηρετήσει εξίσου όλα τα εθνικά συμφέροντα, θα έπρεπε να δώσει ίση βαρύτητα στις θέσεις όλων των κυβερνήσεων και αυτό θα οδηγούσε σε κακοφωνία και παράλυση. Αν έδινε την πολιτική ηγεσία σε ορισμένα κράτη μέλη, δηλαδή τα ισχυρότερα, η διακυβερνητική συνεργασία θα κατέληγε σε διάσταση συμφερόντων και επομένως σε τάσεις διάσπασης.

Η « ευρωπαϊκή διακυβέρνηση » - δηλαδή, οι δομές, οι κανόνες, οι διαδικασίες και η συμπεριφορά των πρωταγωνιστών που επηρεάζουν τον τρόπο εξάσκησης των εξουσιών σε ευρωπαϊκό επίπεδο - λειτούργησε καλά στα πλαίσια της οικονομικής ολοκλήρωσης, εφόσον επέτρεψε όλες τις πραγματοποιήσεις που εξετάζουμε σε αυτό το βιβλίο. Επομένως, δεν πρέπει να αλλαχθεί ριζικά ο ρόλος των θεσμικών οργάνων που έχουν καταδείξει τη χρησιμότητά τους ούτε να προστεθούν νέα όργανα, τα οποία θα μπορούσαν να αλλάξουν τους κανόνες λειτουργίας των πρωταγωνιστών της ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης με απρόβλεπτες συνέπειες. Όμως, η ευρωπαϊκή διακυβέρνηση έχει ήδη φθάσει στα όρια της αποτελεσματικότητάς της, ακόμη και μετά τις μεταρρυθμίσεις που προβλέπει η Συνθήκη της Λισαβόνας . Είναι αμφίβολο ότι θα μπορούσε να λειτουργήσει αποτελεσματικά σε μια ένωση εικοσιεπτά - και σύντομα περισσοτέρων - κρατών μελών, τα οποία, επιπλέον, θα είχαν τη φιλοδοξία να εμβαθύνουν την πολιτική ένωσή τους. Για να μπορέσει η Ένωση να αντιμετωπίσει καλύτερα τις εσωτερικές και εξωτερικές προκλήσεις, χρειάζεται μια δραστική μεταρρύθμιση των θεσμικών της οργάνων.

Πρώτα απ' όλα, συγχρόνως με την ενδυνάμωση του ρόλου της, πρέπει να εκδημοκρατιστεί η δομή της Ευρωπαϊκής Επιτροπής , γιατί ο τεχνοκρατικός χαρακτήρας της, παρά την αναμφισβήτητη χρησιμότητά του, συμβάλλει στην απομόνωση της από τους πολίτες των κρατών μελών. Η Επιτροπή αποτελεί ήδη την εκτελεστική εξουσία της Κοινότητας, δεδομένου ότι προτείνει τη νομοθεσία στα νομοθετικά όργανα, εκτελεί τις αποφάσεις τους και ελέγχει την εφαρμογή τους από τα κράτη μέλη. Επομένως, παίζει ρόλο μιας «πρωτο-κυβέρνησης» της Ένωσης, που δεν έχει πλήρη δημοκρατική νομιμοποίηση, γιατί οι Επίτροποι δεν εκλέγονται, αλλά ορίζονται από τις κυβερνήσεις των κρατών μελών. Η λύση αυτού του προβλήματος θα ήταν η εκλογή των μελών της Επιτροπής απευθείας από τους πολίτες των κρατών μελών σε διευρυμένες ευρωπαϊκές εκλογές. Συγχρόνως με την εκλογή των μελών του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, οι πολίτες κάθε χώρας μπορεί να εκλέγουν τον Επίτροπο που θα έχει την υπηκοότητα αυτής της χώρας μεταξύ δύο υποψηφίων τους οποίους θα έχει επιλέξει το εθνικό κοινοβούλιο με διαδοχικές ψηφοφορίες και πιθανώς συναίνεση περισσοτέρων των δύο κομμάτων. Την τελική επιλογή του καταλληλότερου για τη θέση του Επιτρόπου θα την είχε ο λαός κάθε κράτους, ρίχνοντας ένα ψηφοδέλτιο επιπλέον εκείνων που θα αφορούσαν τα υποψήφια μέλη του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου και της Επιτροπής των Περιφερειών (βλ. παρακάτω). Τόσο τα εθνικά κοινοβούλια όσο και οι εκλογείς κάθε κράτους θα ενδιαφέρονταν να επιλέξουν μια ισχυρή προσωπικότητα έχουσα τα απαραίτητα προσόντα για να διεκδικήσει μια σημαντική θέση μέσα στην Επιτροπή. Επιπλέον, με την εκλογή του Επιτρόπου τους, οι πολίτες θα αισθάνονταν ότι συμμετέχουν στη διακυβέρνηση της Ένωσης.

Το κίνητρο για την επιλογή ισχυρών προσωπικοτήτων θα είναι ακόμη μεγαλύτερο, αν ο πρόεδρος της Επιτροπής και ο αντιπρόεδρος - ο οποίος θα είναι και ύπατος εκπρόσωπος της Ένωσης για θέματα εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφαλείας εκλέγονταν και αυτοί κατά δημοκρατικό τρόπο. Γι' αυτόν τον σκοπό θα πρέπει: (α) όλοι οι δημοκρατικά εκλεγμένοι υποψήφιοι Επίτροποι, και μόνον αυτοί, να έχουν το δικαίωμα να διεκδικήσουν την προεδρία και την αντιπροεδρία της Επιτροπής· και (β) ο πρόεδρος και ο αντιπρόεδρος να εκλέγονται από την απλή πλειοψηφία των αρχηγών κρατών ή κυβερνήσεων (συν ένα, εάν ο αριθμός των κρατών της Ένωσης ήταν ζυγός), η οποία όμως θα αντιπροσώπευε τουλάχιστον το ήμισυ του πληθυσμού της Ένωσης. Αυτή η διπλή πλειοψηφία θα έλυνε το πρόβλημα του σχετικού βάρους των μεγάλων και των μικρών κρατών, εφόσον οι «μεγάλοι» (που ενωμένοι θα μπορούσαν να αντιπροσωπεύουν πάνω από το ήμισυ του πληθυσμού της Ένωσης) θα έπρεπε να έχουν τη συναίνεση και αρκετών «μικρών» για να επιβάλλουν τον υποψήφιο τους. Με την προτεινόμενη εδώ μέθοδο, ο πρόεδρος και ο αντιπρόεδρος της Επιτροπής θα εκλέγονταν κατ' αρχήν από τους συμπατριώτες τους και, έπειτα, θα επιλέγονταν από την πλειοψηφία των αντιπροσώπων των άλλων λαών της Ένωσης. Επομένως, δεν θα ξεπηδούσαν από την έμπνευση της στιγμής και τα πολιτικά παζάρια των αρχηγών κρατών ή κυβερνήσεων, όπως συμβαίνει τώρα, αλλά θα είχαν διπλή δημοκρατική νομιμοποίηση, εθνική και ευρωπαϊκή. Έτσι θα ήταν πιθανόν ο πρόεδρος και ο αντιπρόεδρος της Επιτροπής να εκλέγονταν λόγω των ικανοτήτων τους να διευθύνουν την Επιτροπή και να συνεργαστούν επάξια στη διακυβέρνηση της Ένωσης με τον μόνιμο πρόεδρο του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου, τον οποίο προβλέπει η Συνθήκη της Λισαβόνας. Την καταλληλότητά τους θα πρέπει τελικά να την κρίνει το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο.

Το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο πρέπει να παίζει σημαντικό ρόλο, όχι μόνο στην εγκαθίδρυση του εκτελεστικού οργάνου της ένωσης, αλλά επίσης και στον έλεγχό του. Επιπλέον της νομιμότητας των ενεργειών των Επιτρόπων, το Κοινοβούλιο πρέπει μονίμως να ελέγχει την ανεξαρτησία τους από τα κράτη από τα οποία προέρχονται και την αποτελεσματικότητά τους κατά την εφαρμογή του προγράμματος εργασίας το οποίο θα έχει προεγκρίνει. Ο πολιτικός ρόλος του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου θα γινόταν έτσι ανάλογος με εκείνον ενός εθνικού κοινοβουλίου, το οποίο ελέγχει την κυβέρνηση του κράτους. Συγχρόνως, η νομοθετική εξουσία του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου - σύμφωνα μα τη συνήθη νομοθετική διαδικασία - θα έπρεπε να επεκταθεί σε όλα τα νομοθετικά πεδία, συμπεριλαμβανομένου εκείνου της κοινής εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφάλειας, η οποία θα μπορούσε έτσι σιγά σιγά να γίνει μια πραγματικά κοινή πολιτική και να προωθήσει την Ένωση στη διεθνή σκηνή.

Οι ρόλοι της Οικονομικής και Κοινωνικής Επιτροπής (ΟΚΕ) και της Επιτροπής των Περιφερειών πρέπει να ενισχυθούν. Τώρα, αυτά τά συμβουλευτικά όργανα υποφέρουν από ανεπαρκή αντιπροσωπευτικότητα και από έλλειψη επιρροής επί των ευρωπαϊκών αποφάσεων. Για να επιλέγονται τα μέλη της ΟΚΕ λόγω των ικανοτήτων τους και όχι λόγω των πολιτικών τους τοποθετήσεων, θα πρέπει να εκλέγονται, χωρίς κυβερνητική παρέμβαση, από τα μέλη των εθνικών επαγγελματικών και άλλων οργανώσεων, τις οποίες θα εκπροσωπούν στις Βρυξέλλες. Για να προσεγγίσει, από την πλευρά της, η Επιτροπή των Περιφερειών τους τοπικούς και περιφερειακούς πληθυσμούς, τους οποίους εκπροσωπεί, πρέπει τα μέλη της να εκλέγονται άμεσα από αυτούς κατά τις ευρωπαϊκές εκλογές συγχρόνως με τους ευρωβουλευτές και τους Επιτρόπους. Για να αυξηθεί η σημασία των γνωμών των συμβουλευτικών οργάνων, η αρμόδια κοινοβουλευτική επιτροπή πρέπει να παρουσιάζει στην ολομέλεια του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου μια έκθεση, αναφέρουσα τις γενικές απόψεις της Οικονομικής και Κοινωνικής Επιτροπής και της Επιτροπής των Περιφερειών καθώς και τις τροποποιήσεις που προτείνουν αυτές σε διάφορα σημεία ή άρθρα μιας πρότασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Η ολομέλεια θα πρέπει να ψηφίζει υπέρ ή κατά των απόψεων, όχι μόνον της δικής της κοινοβουλευτικής επιτροπής, αλλά επίσης και εκείνων των συμβουλευτικών οργάνων. Το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο θα έπαιζε έτσι ένα κεντρικό ρόλο στη νομοθετική διαδικασία της ΕΕ, εφόσον οι τροποποιήσεις του θα εξέφραζαν επίσης τις απόψεις των οργάνων που εκπροσωπούν τις επαγγελματικές οργανώσεις και τις περιφερειακές διοικήσεις της Ένωσης.