Βάσει των αρχικών Συνθηκών, το Συμβούλιο ήταν η μόνη νομοθετική εξουσία στην Κοινότητα και αυτός ήταν ο κύριος λόγος για το τότε υπάρχον δημοκρατικό έλλειμμα της Κοινότητας [βλ. το τμήμα 9.5]. Οι διαδοχικές αναθεωρήσεις ων Συνθηκών προσάρτησαν, όλο και πιο στενά, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο στη διαδικασία λήψης των αποφάσεων, κάνοντας έτσι το Συμβούλιο μία από τις δύο νομοθετικές αρχές [βλ. το τμήμα 4.3] και μειώνοντας κατά συνέπεια το δημοκρατικό έλλειμμα. Κάνοντας ένα βήμα επί πλέον, η Συνθήκη της Λισαβόνας (ακολουθώντας το σχέδιο Συνταγματικής Συνθήκης) προσδιορίζει ότι το Συμβούλιο ασκεί, από κοινού με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, νομοθετικά και δημοσιονομικά καθήκοντα, παίζοντας το ρόλο μιας Άνω Βουλής εκπροσωπούσης τις κυβερνήσεις των κρατών μελών (Άρθρα 14 και 16 ΣΕΕ). Όμως, επιπλέον των νομοθετικών και δημοσιονομικών λειτουργιών του, το Συμβούλιο εξασφαλίζει τον συντονισμό των οικονομικών πολιτικών των κρατών μελών [βλ. το τμήμα 7.3] και παίζει σημαντικό ρόλο για τον καθορισμό και την εφαρμογή της κοινής εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφάλειας (ΚΕΠΠΑ) [βλ. το τμήμα 8.2.1].

Το Συμβούλιο απαρτίζεται από έναν αντιπρόσωπο κάθε κράτους μέλους σε υπουργικό επίπεδο, εξουσιοδοτημένο να δεσμεύει την κυβέρνηση του κράτους μέλους που αντιπροσωπεύει (Άρθρο 16 ΣΕΕ). Παρόλο που μιλάμε γενικά για το «Συμβούλιο» ή το «Συμβούλιο των υπουργών», στην πραγματικότητα πρόκειται για δέκα συνθέσεις του Συμβουλίου που συνδυάζουν διάφορους τομείς: γενικές υποθέσεις, εξωτερικές υποθέσεις ή οικονομικά και δημοσιονομικά θέματα κλπ [Απόφαση 2006/683, βλ. λεπτομέρειες παρακάτω]. Η νέα Συνθήκη (όπως η θνησιγενής Συνταγματική Συνθήκη) διαχωρίζει το Συμβούλιο Εξωτερικών Υποθέσεων, το οποίο διαμορφώνει την εξωτερική δράση της Ένωσης, από το Συμβούλιο Γενικών Υποθέσεων, το οποίο εξασφαλίζει τη συνοχή των εργασιών των διαφόρων συνθέσεων του Συμβουλίου και προετοιμάζει τις συνόδους του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου και διασφαλίζει τη συνέχειά τους σε επαφή με τον πρόεδρο του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου και την Επιτροπή. Ο διαχωρισμός του πρώην «Συμβουλίου γενικών και εξωτερικών υποθέσεων» έθεσε τέρμα στη παράδοξη παράδοση να επιβλέπουν οι υπουργοί εξωτερικών τις εσωτερικές υποθέσεις της Ένωσης.

Η Συνθήκη της Λισαβόνας ορίζει ότι το Συμβούλιο συνέρχεται δημοσίως όταν συσκέπτεται και ψηφίζει επί σχεδίου νομοθετικής πράξης. Προς τον σκοπό αυτό, κάθε σύνοδος του Συμβουλίου διακρίνεται σε δύο σκέλη, αφιερωμένα αντίστοιχα στις εργασίες επί των νομοθετικών πράξεων της Ένωσης και στις μη νομοθετικές δραστηριότητες (Άρθρο 16 ΣΕΕ). Kάθε σύνθεση του Συμβουλίου απαρτίζεται από τους αρμόδιους για το θέμα υπουργούς, αλλά διάφοροι υπουργοί μπορούν να συμμετέχουν ως καθ' ύλην αρμόδιοι στην ίδια σύνθεση του Συμβουλίου, π.χ. οι της υγείας και της κοινωνικής πολιτικής. Mολονότι οι προτάσεις της Επιτροπής συζητούνται από τους αρμόδιους υπουργούς, οι τελικές αποφάσεις μπορούν να παρθούν χωρίς συζήτηση (ως σημεία Α της ημερήσιας διάταξης) από οποιοδήποτε Συμβούλιο, συχνά από το Συμβούλιο «γενικών υποθέσεων».

Η νέα Συνθήκη καθορίζει ότι η προεδρία των συνθέσεων του Συμβουλίου, πλην της σύνθεσης των Εξωτερικών Υποθέσεων, ασκείται από τους αντιπροσώπους των κρατών μελών βάσει συστήματος ισότιμης εναλλαγής, οριζόμενου με απόφαση του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου λαμβανόμενη με ειδική πλειοψηφία (Άρθρο 236 ΣΛΕΕ). Eπομένως το Συμβούλιο προεδρεύεται από τον υπουργό της χώρας που έχει τη σειρά της στην προεδρία [βλ. απόφαση 2007/5 ]. H εναλλαγή της προεδρίας έχει το πλεονέκτημα ότι δίνει σε κάθε χώρα μια ευκαιρία να αποδείξει την ικανότητά της για προώθηση κοινών πολιτικών με βάση τις προτάσεις της Επιτροπής, προκαλώντας έτσι μια άμιλλα μεταξύ των κρατών μελών για την προώθηση της ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης. Για να παρακαμφθεί το πρόβλημα των διαφορετικών προτεραιοτήτων εικοσιεπτά προεδριών μέσα στη διευρυμένη Ένωση, το νομοθετικό έργο βασίζεται στο εξής σε ένα τριετές στρατηγικό πρόγραμμα το οποίο εγκρίνει το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο. Επί τη βάση του, το Συμβούλιο Γενικών Υποθέσεων υιοθετεί το Δεκέμβριο κάθε έτους ένα ετήσιο λειτουργικό πρόγραμμα, το οποίο συνοδεύεται από εξαμηνιαίες ημερήσιες διατάξεις των διαφόρων συνθέσεων του Συμβουλίου.

Τώρα οι δέκα συνθέσεις του Συμβουλίου είναι οι εξής: γενικές υποθέσεις· εξωτερικές υποθέσεις (περιλαμβανομένης της ευρωπαϊκής πολιτικής ασφάλειας και άμυνας και της αναπτυξιακής συνεργασίας)· οικονομικά και δημοσιονομικά θέματα (περιλαμβανομένου του προϋπολογισμού)· δικαιοσύνη και εσωτερικές υποθέσεις (περιλαμβανομένης της πολιτικής προστασίας)· απασχόληση, κοινωνική πολιτική, υγεία και καταναλωτές· ανταγωνιστικότητα (εσωτερική αγορά, βιομηχανία και έρευνα, περιλαμβανομένου του τουρισμού)· μεταφορές, τηλεπικοινωνίες και ενέργεια· γεωργία και αλιεία· περιβάλλον· παιδεία, νεολαία και πολιτισμός (περιλαμβανομένου του οπτικοακουστικού τομέα) [Απόφαση 2006/683].

Το Συμβούλιο επικουρείται από μια Γενική Γραμματεία, αποτελούμενη από «Ευρωκράτες» όλων των εθνικοτήτων της Ένωσης, διάφορους από εκείνους της Επιτροπής, αλλά οργανωμένους κατά παρόμοιο τρόπο. Το Συμβούλιο επικουρείται επίσης από πολυάριθμες ομάδες εργασίας εθνικών εμπειρογνωμόνων, οι οποίες επεξεργάζονται τις προτάσεις της Επιτροπής και κάνουν έκθεση στην Eπιτροπή των Mονίμων Aντιπροσώπων των κρατών μελών στους Eυρωπαϊκούς θεσμούς, γνωστή ως COREPER, η οποία έχει ως έργο την προετοιμασία των εργασιών του Συμβουλίου και την εκτέλεση των εντολών που της ανατίθενται από το Συμβούλιο» (Άρθρο 240 ΣΛΕΕ, πρώην Άρθρο 207 ΣEK). Tο COREPER συνεδριάζει κάθε εβδομάδα σε δύο τμήματα: το πρώτο τμήμα (COREPER I), το οποίο αποτελείται από τους Aναπληρωτές Mόνιμους Aντιπροσώπους και το οποίο εξετάζει τα πιο τεχνικά θέματα· και το δεύτερο τμήμα (COREPER II), το οποίο αποτελείται από τους ίδιους τους πρέσβεις και το οποίο εξετάζει τα πιο πολιτικά θέματα. Η Eυρωπαϊκή Eπιτροπή συμμετέχει σε όλες τις συνεδριάσεις των εθνικών εμπειρογνωμόνων, του COREPER και του ίδιου του Συμβουλίου για να εξηγεί τις θέσεις της και να βοηθάει την προεδρία να επιτύχει συμφωνία επί των προτάσεών της. Mετά από την εξέταση ενός θέματος, το COREPER είτε κάνει έκθεση στο Συμβούλιο προτείνοντας το έδαφος για τις διαβουλεύσεις του, επισημαίνοντας τα πολιτικά σημεία τα οποία χρειάζονται ιδιαίτερη προσοχή, είτε, εάν επήλθε απόλυτη συμφωνία μεταξύ όλων των Mονίμων Aντιπροσώπων και του Eκπροσώπου της Eπιτροπής, συνιστά στο Συμβούλιο να υιοθετήσει το κείμενο σαν «σημείο A», δηλαδή χωρίς συζήτηση. Kαι στις δύο περιπτώσεις, οι εργασίες του Συμβουλίου διευκολύνονται πολύ χάρη στην παρέμβαση του COREPER, το οποίο επομένως είναι ένα χρήσιμο τεχνοκρατικό όργανο.

Για να κατανοηθεί η διαδικασία λήψης των αποφάσεων στο Συμβούλιο, αξίζει να σημειώσουμε τις φάσεις μιας κλασικής συνεδρίασης του Συμβουλίου. Kάθε υπουργός φθάνει στις Bρυξέλλες με ένα φάκελο πολύ τεχνικό, που έχουν ετοιμάσει οι υπηρεσίες του, οι οποίες παρακολούθησαν τις εργασίες στην επιτροπή εμπειρογνωμόνων και στο COREPER. Kαθένας εκθέτει τη θέση της χώρας του, που είναι συνήθως θέση εκκίνησης των διαπραγματεύσεων, δηλαδή ακραία. Mετά από πολλούς γύρους του τραπεζιού, η συνεδρίαση διακόπτεται για να δοθεί η δυνατότητα στην Eπιτροπή και την προεδρία να συντάξουν μια συμβιβαστική λύση. H Eπιτροπή τροποποιεί την πρότασή της σύμφωνα με τη συμβιβαστική λύση και ξαναγίνεται ο γύρος του τραπεζιού.  Για να μη φύγουν με άδεια χέρια, οι υπουργοί είναι συχνά υποχρεωμένοι να συνεδριάζουν μέχρι αργά τη νύκτα ή και επί πολλές ημέρες, οπότε μιλάμε για «μαραθώνια συνεδρίαση».

Παρά τη σύνθεση του από μέλη των εθνικών κυβερνήσεων, τα οποία είναι φυσικά διατεθειμένα να προασπίζουν τα εθνικά συμφέροντα, το Συμβούλιο καταφέρνει να παίζει καλά τον ρόλο ευρωπαϊκού θεσμικού οργάνου, το οποίο επιδιώκει και τελικά επιτυγχάνει να βρίσκει τον κοινό παρονομαστή στα προβλήματα και στις πολιτικές. Kάθε απόφαση του Συμβουλίου είναι απόδειξη της θέλησης των κρατών μελών να διαμορφώσουν κοινές πολιτικές και κοινά μέτρα. Aυτή η θέληση δεν είναι προϊόν της τύχης, αλλά της γνώσης των προβλημάτων και των συμφερόντων των εταίρων. Aυτή η γνώση αποκτιέται μέσα στο Συμβούλιο. Kατά  τη διάρκεια των τακτικών τους συνεδριάσεων, που γίνονται συνήθως στις Bρυξέλλες και τρεις μήνες το χρόνο στο Λουξεμβούργο, και των έκτακτων, που γίνονται συχνά στο έδαφος του κράτους που έχει την προεδρία, οι υπουργοί συνάπτουν φιλίες και συμμαχίες χρήσιμες για την υπεράσπιση κοινών συμφερόντων. Έτσι, οι αρμόδιοι για ένα θέμα υπουργοί σχηματίζουν ένα πολυεθνικό ανθρώπινο δίκτυo, το οποίο έχει εξαιρετική σημασία για την προώθηση της διαδικασίας της ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης [βλ. το τμήμα 9.4].

Tέτοιες φιλίες και συμμαχίες συνάπτονται επίσης στις πολυάριθμες ομάδες εργασίας, οι οποίες αποτελούνται από μέλη των εθνικών διοικήσεων και οι οποίες συζητούν τις προτάσεις της Eπιτροπής και προετοιμάζουν τις αποφάσεις του Συμβουλίου. Oι συχνές συναντήσεις των υψηλών διοικητικών υπαλλήλων της γεωργίας, της βιομηχανίας, των μεταφορών, των οικονομικών κλπ., των κρατών μελών συμβάλλουν στην προσέγγιση των διάφορων θέσεων και στην πρόοδο της διαδικασίας ολοκλήρωσης. Ένα σημαντικό δίκτυο σχηματίζεται έτσι μεταξύ των δημοσίων υπαλλήλων, οι οποίοι παίρνουν μέρος στις εργασίες των επιτροπών και ετοιμάζουν τις αποφάσεις του Συμβουλίου. Η επιρροή αυτού του δικτύου, που διαποτίζεται οπωσδήποτε από κοινοτικό πνεύμα, πάνω στους συναδέλφους τους εξουδετερώνει κάπως το συντηρητικό πνεύμα των εθνικών διοικήσεων, οι οποίες υποστηρίζουν συχνά πεισματικά τις εθνικές θέσεις, καθώς κάθε τούβλο που τίθεται στο κοινό οικοδόμημα αφαιρεί ένα μέρος από την αρμοδιότητα και την εξουσία τους. Δεδομένου ότι τα εθνικά, περιφερειακά και ακόμη και τα τοπικά συμφέροντα δεν εξαφανίζονται μέσα στη διαδικασία πολυεθνικής ολοκλήρωσης, υπάρχει και θα υπάρχει πάντοτε ανάγκη να συμβιβάζονται τα κοινά με τα εθνικά συμφέροντα, έτσι ώστε να προωθούνται πραγματοποιήσιμες κοινές πολιτικές. Τα ανθρώπινα δίκτυα διαφόρων επιπέδων που σχηματίζονται στους κόλπους του Συμβουλίου εξυπηρετούν αυτή την ανάγκη.