Sur base des traités originaux, le Parlement avait un rôle consultatif et le Conseil était la seule autorité législative de la Communauté. Celle-ci était la raison principale du déficit démocratique de la Communauté d'alors [voir la section 9.5]. Les amendements ultérieurs des traités ont engagé de plus en plus étroitement le Parlement européen au processus de prise de décisions, faisant ainsi le Conseil l'une de deux autorités législatives [voir la section 4.3] et réduisant par conséquent le déficit démocratique. Allant un pas en avant, le traité de Lisbonne (suivant le projet du traité constitutionnel) spécifie que le Conseil exerce, conjointement avec le Parlement européen, les fonctions législative et budgétaire, jouant le rôle d'un Senat ou d'une chambre haute, représentant les gouvernements des États membres (articles 14 et 16 TUE). Cependant, en plus de ses fonctions législatives et budgétaires, le Conseil assure la coordination des politiques économiques des États membres [voir la section 7.3] et joue un rôle important dans la définition et la mise en œuvre de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC).
Le Conseil est formé par un représentant de chaque État membre au niveau ministériel, habilité à engager le gouvernement de cet État membre (article 16 TFUE). Si l'on parle généralement du "Conseil" ou du "Conseil des ministres", en réalité il s'agit de dix formations spécialisées regroupant plusieurs domaines par exemple, affaires générales, affaires étrangères ou affaires économiques et financières [Décision 2009/878, voir les détails ci-dessous]. Le nouveau traité (comme le traité constitutionnel mort-né) sépare le Conseil des affaires étrangères, qui élabore l'action extérieure de l'Union du Conseil des affaires générales, qui assure la cohérence des travaux des différentes formations du Conseil et prépare les réunions du Conseil européen et en assure le suivi en liaison avec le président du Conseil européen et la Commission. La séparation de l'ancien "Conseil des affaires générales et relations extérieures" met fin à l'étrange tradition d'avoir les ministres des affaires étrangères surveiller les affaires intérieures de l'Union.
Actuellement les dix formations du Conseil sont: affaires générales; affaires extérieures (y compris la politique européenne de sécurité et de défense et la coopération au développement); affaires économiques et financières (y compris le budget); justice et affaires intérieures (y compris la protection civile); emploi, politique sociale, santé et consommateurs; compétitivité (marché intérieur, industrie et recherche, y compris le tourisme); transports, télécommunications et énergie; agriculture et pêche; environnement; éducation, jeunesse et culture (y compris l'audiovisuel) [Décision 2009/878].
Le traité de Lisbonne stipule que le Conseil siège en public lorsqu'il délibère et vote sur un projet d'acte législatif. À cet effet, chaque session du Conseil est divisée en deux parties, consacrées respectivement aux délibérations sur les actes législatifs de l'Union et aux activités non législatives (article 16 TUE). Il spécifie aussi que la présidence des formations du Conseil, à l'exception de celle des affaires étrangères, est assurée par les représentants des États membres au Conseil selon un système de rotation égale défini par une décision du Conseil européen, adoptée à la majorité qualifiée (article 236 TFUE). Chaque formation du Conseil se compose des ministres compétents en la matière, mais plusieurs ministres peuvent participer en tant que titulaires à une même formation du Conseil, par exemple, les ministres responsables pour la santé et pour la politique sociale. Les propositions de la Commission sont discutées dans la formation spécialisée du Conseil. Cependant, les décisions qui ont l’accord de tous les États membres peuvent être arrêtées sans débat (comme "points A" de l’agenda) par n'importe quel Conseil, souvent le Conseil des "affaires générales".
Le nouveau traité spécifie que la présidence des formations du Conseil, à l'exception de celle des affaires étrangères, est assurée par les représentants des États membres au Conseil selon un système de rotation égale défini par une décision du Conseil européen, adoptée à la majorité qualifiée (article 236 TFUE). C'est donc le ministre du pays qui a son tour qui préside chaque session du Conseil [voir décision 2007/5]. La rotation de la présidence a l'avantage de donner à chaque pays une chance de prouver son efficacité dans la promotion des politiques communes sur base des propositions de la Commission, stimulant ainsi une émulation dans l'avancement de la construction européenne. Afin d'obvier le problème des différentes priorités des vingt-sept présidences de l'Union élargie, le travail législatif est dorénavant basé sur un programme stratégique triennal adopté par le Conseil européen. À la lumière de celui-ci, le Conseil "Affaires générales" adopte en décembre de chaque année un programme opérationnel annuel des activités du Conseil, accompagné par des ordres du jour indicatifs semestriels des différentes formations du Conseil.
Le Conseil est assisté par un Secrétariat général, consistant d'"Eurocrates" de toutes les nationalités de l'Union, autres que leurs homologues de la Commission, mais organisés de la même façon. Le Conseil est aussi assisté par de nombreux groupes de travail de fonctionnaires nationaux, qui examinent les propositions de la Commission et font rapport au Comité des représentants permanents (COREPER), qui a pour tâche de préparer les travaux du Conseil et d'exécuter des mandats qui lui sont confiés par celui-ci (article 240 TFUE, ex-Article 207 TCE). Le Coreper siège en deux parties: le Coreper première partie, qui est composé des représentants permanents adjoints et qui examine les questions plutôt techniques, et le Coreper deuxième partie, qui est composé des ambassadeurs eux-mêmes et qui traite les questions plutôt politiques. La Commission européenne participe à toutes les réunions des groupes de travail d'experts nationaux, du Coreper et du Conseil lui même pour expliquer ses positions et assister la présidence à parvenir à un accord sur ses propositions. Après examen d'une question, ou bien le Coreper fait rapport au Conseil, préparant le terrain pour ses délibérations en attirant son attention sur les aspects politiques qui méritent une attention particulière, ou bien, si un accord unanime est intervenu entre les représentants permanents et le représentant de la Commission, le Coreper recommande au Conseil d'adopter le texte préparé "en point A", c'est-à-dire sans discussion. Dans les deux cas, les travaux du Conseil sont facilités, grâce à l'intervention du Coreper.
Pour comprendre le processus décisionnel au sein du Conseil, il est intéressant de connaître les grandes phases d'une séance du Conseil [Voir le règlement intérieur du Conseil]. Chaque ministre arrive à Bruxelles avec un dossier très technique préparé par ses services, qui ont suivi les travaux au sein du groupe de travail des experts des administrations et au sein du Coreper. Chacun expose sa position, qui est normalement une position de départ de négociation, c'est-à-dire extrême. Après plusieurs tours de table, la séance est suspendue pour donner à la Commission et à la présidence la possibilité de rédiger un compromis. La Commission peut modifier sa proposition pour en tenir compte et l'on recommence le tour de table. Pour ne pas se séparer les mains vides, les ministres sont souvent obligés de siéger jusqu'à une heure très avancée de la nuit ou de prolonger la séance pendant plusieurs jours, auquel cas elle devient une "séance marathon".
Malgré sa composition de membres des gouvernements nationaux, naturellement enclins à défendre les intérêts nationaux, le Conseil arrive à jouer bien son rôle d'institution européenne qui cherche et qui en fin de compte, trouve le dénominateur commun des problèmes et des politiques. Chaque décision du Conseil est la preuve tangible de la volonté des États membres de politiques et de mesures communes. Cette volonté n'est pas le fruit du hasard, mais de la connaissance approfondie des problèmes et des intérêts des uns et des autres. Cette connaissance se fait par excellence dans le Conseil. Lors de leurs nombreuses réunions formelles, tenues d'habitude à Bruxelles et trois mois par an au Luxembourg, et de leurs rencontres informelles, tenues à l'invitation et sur le territoire du pays qui a la présidence du Conseil, les ministres se lient d'amitié et nouent des alliances utiles pour la défense d'intérêts communs. Ainsi les ministres participant à une formation du Conseil forment un réseau humain très important pour le processus d'intégration multinationale [voir la section 9.4].
Ces amitiés et ces alliances se nouent aussi dans les très nombreux groupes de travail spécialisés dans les différentes matières et composés de membres des administrations nationales, qui discutent les propositions de la Commission et préparent les décisions du Conseil. Les très nombreuses réunions annuelles des hauts fonctionnaires de l'agriculture, de l'industrie, des transports, des affaires économiques etc., des États membres, contribuent à rapprocher les points de vue et à faire avancer le processus d'intégration multinationale. Un réseau humain influent est ainsi construit entre les fonctionnaires nationaux, qui participent aux travaux des comités qui préparent les décisions du Conseil. L'influence de ce réseau, qui est pénétré par l'esprit européen, sur leurs collègues dans chacun des pays, est d'autant plus importante que les administrations nationales restent les plus ardents défenseurs des causes et des mesures nationales, car chaque brique posée sur la maison commune enlève un peu de leur compétence et de leur autorité. Étant donné que les intérêts nationaux, régionaux et même locaux ne sont et ne seront pas balayés par le processus d'intégration multinationale, il faut toujours réconcilier les intérêts communs et nationaux afin de développer des politiques communes fonctionnelles. Les réseaux humains formés dans les différentes instances du Conseil répondent à ce besoin.
