Le traité de Lisbonne (copiant le projet de traité constitutionnel) disposait que, à partir de 2014, la Commission serait composée d’un nombre de membres correspondant aux deux tiers du nombre d’États membres, choisis selon un système de rotation égalitaire entre les États membres (article 17 TUE = article I-26, Constitution). Cependant, l'article 17 TUE prévoyait que le Conseil européen, statuant à l'unanimité, pourrait décider de modifier ce nombre. En effet, afin de satisfaire une des revendications du peuple irlandais en vue du deuxième référendum sur la ratification du traité de Lisbonne (qui a eu lieu le 2 octobre 2009), le Conseil européen de décembre 2008 a déclaré que, à condition que ce traité entrait en vigueur, une décision serait prise pour que la Commission puisse continuer de comprendre un national de chaque État membre. Ainsi, la situation actuelle d'un Commissaire par État membre restera en vigueur malgré le libellé de l'article 17 du TUE.
Ainsi, actuellement, la Commission européenne, d'habitude appelée Commission, est composée de 27 membres (Commissaires), qui sont proposés par chaque État membre et sont nommés, pour une période de cinq ans, par le Conseil, statuant à la majorité qualifiée et d'un commun accord avec le président désigné. Les membres de la Commission ne peuvent, pendant la durée de leurs fonctions, exercer une autre activité professionnelle, rémunérée ou non. Ils ne sollicitent ni n'acceptent d'instructions d'aucun gouvernement et tous les gouvernements s'engagent à respecter ce principe et à ne pas chercher à influencer les membres de la Commission dans l'exécution de leur tâche (articles 17 TUE et 245 TFUE). Le Conseil, d'un commun accord avec le président élu, adopte la liste des autres personnalités qu'il propose de nommer membres de la Commission et soumet le collège à un vote d'approbation du Parlement européen (article 17 TUE). Le Parlement interroge chaque Commissaire sur son programme et ces idées et peut exprimer des objections sur son aptitude concernant les responsabilités qui lui sont dévolues par le président de la Commission, mais ne peut pas rejeter sa nomination comme membre du collège. En cas de reproches formulées par le Parlement concernant l'aptitude de certains membres de la Commission, le président de celle-ci a donc le choix de, soit remanier la répartition des responsabilités au sein du collège, soit risquer un vote négatif du Parlement concernant le collège dans son ensemble [voir notamment décisions 2004/642 et 2004/753].
Selon le traité de Lisbonne, le président de la Commission est proposé au Parlement européen par le Conseil européen, statuant à la majorité qualifiée. La proposition du Conseil européen doit tenir compte des élections au Parlement européen, respectant ainsi la volonté de la majorité des citoyens de l'Union, puisque la personnalité proposée pour présider la Commission doit appartenir à la tendance du groupe politique qui aura emporté la majorité aux élections européennes (article 17 TUE). Ce candidat est élu par le Parlement européen à la majorité des membres qui le composent. Si ce candidat ne recueille pas la majorité, le Conseil européen, statuant à la majorité qualifiée, devra proposer, dans un délai d’un mois, un nouveau candidat, qui sera élu par le Parlement européen selon la même procédure. Le Conseil européen, statuant à la majorité qualifiée, avec l’accord du président de la Commission, nomme le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, qui est vice-président de la Commission (article 18 TUE) [voir la section 8.2.1]. Le président, le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et les autres membres de la Commission sont soumis, en tant que collège, à un vote d’approbation du Parlement européen (article 17 TUE).
La Commission est la force motrice de la construction européenne. L'article 294 (TFUE) que lorsque, dans les traités, il est fait référence à la procédure législative ordinaire pour l'adoption d'un acte, la Commission présente une proposition au Parlement européen et au Conseil. Cela signifie que sous la procédure législative ordinaire, un autre organe et certainement un État membre ne peut se substituer à la Commission à la tâche de présentation de propositions. D'ailleurs, c'est elle seule qui peut modifier sa propre proposition à l'exception près d'une unanimité au sein du Conseil. À partir des impulsions politiques données par le Conseil européen par des déclarations et souvent par le Parlement européen par des résolutions, il appartient à la Commission de faire des propositions formelles au Conseil et au Parlement pour entreprendre de nouvelles actions dans le cadre des traités. Il faut noter que les déclarations du Conseil européen et les résolutions du Parlement sont souvent incitées par des rapports ou des communications de la Commission elle-même. Le pouvoir d'initiative, que détient la Commission, est particulièrement important pour le développement des politiques communes et partant pour le progrès de l'intégration multinationale. Toutes les politiques communes, toute la législation européenne, tous les programmes de l'UE sont adoptés par les organes législatifs après initiative de la Commission sous forme de communications explicatives et de propositions d'actes juridiques. Cependant, le traité de Lisbonne donne aux citoyens la possibilité d'influencer les initiatives de la Commission. Des citoyens de l'Union, au nombre d'un million au moins, ressortissants d'un nombre significatif d'États membres, peuvent prendre l'initiative d'inviter la Commission européenne, dans le cadre de ses attributions, à soumettre une proposition appropriée sur des questions pour lesquelles ces citoyens considèrent qu'un acte juridique de l'Union est nécessaire aux fins de l'application des traités (article 11 TUE = article I-47, Constitution) [voir la section 9.5].
Dans ses propositions, la Commission a la tâche de définir l'intérêt commun de chaque politique, mesure juridique ou action européenne qu'elle propose et les représentants des États membres au Conseil ne peuvent la remplacer à ce rôle qu'en agissant d'un commun accord, c'est à dire à l'unanimité. Cela signifie que même si un seul État pense que les amendements à la proposition de la Commission, promus par la majorité du Conseil, sont contraires à ses intérêts, la proposition ne peut pas être adoptée à la majorité qualifiée. La proposition doit être modifiée par la Commission elle-même, qui doit trouver une solution de compromis qui s'approche de l'intérêt commun. Bien entendu, si la Commission considère que la minorité exagère ou fait une obstruction déraisonnable, elle peut modifier sa proposition dans le sens souhaité par la majorité, qui peut ainsi l'adopter. En fait, très souvent, au cours de délibérations et négociations au Conseil, la Commission modifie sa proposition plusieurs fois pour stimuler des concessions de part et d'autre et dégager un accord. La Commission peut donc paralyser le processus décisionnel de l'Union, comme elle peut l'accélérer, ce qu'elle a toujours fait. Bon an mal an, elle soumet quelques 700 propositions au Parlement et au Conseil, qui sont tôt ou tard adoptées par les organes décisionnels.
Il faut souligner, cependant, que la Commission propose seulement des actes juridiques ou des actions de l'UE. Les décisions sont prises, habituellement en tandem, par le Parlement européen et le Conseil, c'est-à-dire par les représentants des citoyens et des gouvernements des États membres [voir la section 4.3]. Cependant, un acte législatif peut, sous certaines conditions, déléguer à la Commission le pouvoir d'adopter des actes non législatifs de portée générale qui complètent ou modifient certains éléments non essentiels de l'acte législatif, auquel cas les actes de la Commission sont intitulés des "actes délégués" (article 290 TFUE). La Commission a définit le cadre général dans lequel ces délégations de pouvoirs devraient s’inscrire [COM/2009/673]. Lorsque des conditions uniformes d'exécution des actes juridiquement contraignants de l'Union sont nécessaires, ces actes confèrent des compétences d'exécution à la Commission, auquel cas les actes de la Commission sont intitulés des "actes d'exécution" (article 291 TFUE).
La Commission est la gardienne des traités et de l'"acquis communautaire", c'est-à-dire, de l'ensemble de la législation de l'UE [voir la section 3.3]. Une de ses missions essentielles est de veiller au respect par les États membres de leurs obligations et/ou à la correcte application par eux des dispositions des traités et du droit dérivé (article 258 TFUE). À ces fins, elle a un pouvoir d'enquête qu'elle exerce de sa propre initiative ou à la demande d'un gouvernement ou suite à la plainte d'un particulier. Si, après son enquête, la Commission estime qu'il y a infraction aux dispositions de l'UE, elle invite l'État incriminé à lui présenter ses observations dans un délai déterminé. Si l'État en cause ne se met pas en règle ou si les explications qu'il fournit ne convainquent pas la Commission, celle-ci émet un avis motivé auquel l'État membre est tenu de se conformer dans le délai prescrit, faute de quoi la Commission saisit la Cour de justice, qui arbitre le différend et, le plus souvent, condamne le manquement tel que l'a constaté la Commission et requiert alors de l'État membre récalcitrant de se mettre en règle. Il y a souvent divergences d'opinion entre les États membres et la Commission, mais l'impartialité de la Commission vis-à-vis des différents États membres n'a jamais été mise en cause. L'information sur les procédures d'infractions à la législation européenne initiées par la Commission est présentée sur le site "infractions" du serveur Europa.
La Commission est aussi le pouvoir exécutif de l'Union européenne et a donc un rôle administratif. Les traités confèrent à la Commission des pouvoirs d'exécution étendus pour assurer la réalisation des objectifs fixés par eux: le bon fonctionnement du marché unique et de l'union économique et monétaire, le contrôle des règles de concurrence, la gestion du budget de l'Union et, surtout, l'exécution de tous les actes arrêtés par les organes de prise des décisions. Les pouvoirs de la Commission sont sans cesse amplifiés par les compétences d'exécution que lui confère le législateur, c'est-à-dire le Parlement européen et le Conseil pour la mise en œuvre des politiques et des lois européennes; mais les États membres contrôlent l’exercice par la Commission de ses compétences d’exécution [Règlement 182/2011]. La Commission propose le budget de l'Union [voir la section 3.4] et elle le gère après son adoption par le Parlement et le Conseil. Elle gère aussi les différents fonds de l'UE [règlement 1105/2003, voir la section 12.3] et les programmes de recherche et de développement technologique [voir la section 18.2.2]. En général, la Commission exécute les décisions et les actes législatifs des organes décisionnels (Parlement et Conseil). Les actes d'exécution de la Commission prennent généralement la forme des décisions et des actes de base (règlement, directive ou décision).
La Commission joue, enfin, un rôle représentatif en assurant la représentation de l'Union européenne dans les pays tiers et dans plusieurs organisations internationales. Le rôle de la Commission est particulièrement important dans la conduite de la politique commerciale commune et de la politique d'aide au développement. Agissant au nom de l'Union sur mandat du Conseil, la Commission négocie les accords tarifaires dans le cadre de l’Organisation mondiale du commerce (OMC) [voir la section 23.4], les accords commerciaux et de partenariat avec les pays tiers, les accords d'association et même, en pratique, les accords d'adhésion de nouveaux États membres à l'Union européenne. Afin de mener son rôle représentatif, la Commission a ses propres délégations dans plus de 160 pays avec lesquels l'UE a des relations diplomatiques et auprès des organisations internationales comme l'Organisation pour la coopération économique et le développement (OCDE), l'OMC et le Conseil de l'Europe.
Le traité de Lisbonne a étendu le rôle de la Commission dans le domaine de la politique étrangère et de sécurité commune (PESC), puisque le haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité, qui est un vice-président de la Commission, a le pouvoir de proposition et contribue par ses propositions à l'élaboration de cette politique et l'exécute en tant que mandataire du Conseil (article 18 TUE = article I-28, Constitution). En effet, le rôle du haut représentant de l'Union est double, avec une partie jouée au sein de la Commission, en tant que son vice-président, et l'autre au Conseil des affaires étrangères, en tant que son président. Il ou elle est chargé(e), au sein de la Commission, des responsabilités qui incombent à cette dernière dans le domaine des relations extérieures et de la coordination des autres aspects de l’action extérieure de l’Union. Cette fonction de coordination suppose que le haut représentant de l'Union associe ses collègues dans la Commission responsables pour la politique commerciale, l'aide au développement, l'aide humanitaire et dans plusieurs cas ceux chargés des politiques de la concurrence, de l'agriculture et de la pêche, ce qui signifie que les propositions de politique étrangère du haut représentant sont en fait des propositions de la Commission. Le haut représentant de l'Union doit veiller, au sein du Conseil, à la cohérence de l’action extérieure de l’Union dans toutes ses facettes. Une matière ambiguë est la représentation extérieure de l'Union. Le traité de l'UE déclare que le président du Conseil européen assure, à son niveau et en sa qualité, la représentation extérieure de l’Union pour les matières relevant de la politique étrangère et de sécurité commune, sans préjudice des attributions du haut représentant de l'Union (article 15 TUE = article I-22, Constitution) [voir la section 4.1.1]. Des questions qui devront être réglées en pratique sont où s'arrêteront les compétences du premier et où débuteront celles du second et comment sera représentée l'Union aux affaires et aux lieux où la présence des deux est exigée.
Le traité de Lisbonne (comme la Constitution mort-née) confirme, en particulier, le quasi-monopole de l'initiative législatif de la Commission (article 17 TUE = article I-26, Constitution). On peut déduire de là que les représentants des États membres, qui ont signé le nouveau traité le 13 décembre 2007, ont apprécié le travail de la Commission jusqu'alors et ont accepté de confirmer sa tâche d'arbitre de leurs intérêts nationaux. En effet, la Commission peut jouer ce rôle grâce à deux éléments caractéristiques. Premièrement, elle est composée des politiciens (au sommet) et des technocrates (à sa base) de toutes les nationalités. Deuxièmement, elle n'est pas contrôlée par des autorités nationales, mais par des organes multinationaux, le Conseil européen, le Parlement européen et la Cour de justice européenne. De plus, avant de faire ses propositions, elle recueille les avis des experts scientifiques, techniques, administratifs et professionnels de tous les États membres.
La composition multinationale du collège des Commissaires et des services qui travaillent sous leur direction signifie qu'aucun des fonctionnaires (souvent appelés Eurocrates) ou même des Commissaires ne peut influencer une proposition sur laquelle il travaille dans le sens de l'intérêt national d'un ou de quelques État(s) membre(s). S'il essayait de le faire, il serait immédiatement appelé à l'ordre par ses collègues dans le service responsable ou dans le corps collégial de la Commission. Par ailleurs, les services de la Commission, qui sont organisés de manière similaire aux ministères nationaux, ne travaillent pas dans une tour d'ivoire. Ils sont conseillés par des comités spécialisés d'experts de toutes les nationalités, établis par la Commission elle-même ou, le plus souvent, par un acte législatif, afin de conseiller la Commission sur son sujet spécifique. Ces comités consultatifs examinent un problème des points de vue techniques, économiques et juridiques et analysent le pour et le contre des solutions possibles, y compris l'inaction de l'Union. Tous les filtres nationaux, administratifs, scientifiques et techniques par lesquels passe une proposition de la Commission et ses amendements éventuels font que celle-ci est le plus près possible de l'intérêt commun et de la meilleure solution au moment de sa conception. La Commission écoute tous les arguments et toutes les opinions exprimés dans ces différents comités et, d'habitude, reprend dans sa proposition les opinions majoritaires, pensant que sur elles peut être bâti un consensus dans les organes décisionnels, le Parlement européen et le Conseil. En fin de compte, la Commission connaît que, pour avoir une chance d'être acceptée par ces organes, une proposition doit répondre à l'intérêt commun de tous ou de la grande majorité des États membres.
Bien sûr, la Commission n'est pas infaillible et elle peut parfois se tromper dans l'évaluation de ce qui est la meilleure solution dans l'intérêt de tous ou de la plupart des États membres. Par conséquent, beaucoup de contrôles subséquents existent, qui permettent d’évaluer et corriger une proposition de la Commission. En même temps qu’elle est envoyée aux autorités de prise de décision, la proposition de la Commission est, dans beaucoup de cas, envoyée aux organes consultatifs institués par le traité: le Comité économique et social, qui est composé de représentants des différentes composantes à caractère économique et social de la société civile organisée, notamment des producteurs, des agriculteurs, des transporteurs, des travailleurs, des négociants et artisans, des professions libérales, des consommateurs et de l'intérêt général (article 301 TFUE); et le Comité des régions, composé de représentants des collectivités régionales et locales qui sont soit titulaires d'un mandat électoral au sein d'une collectivité régionale ou locale, soit politiquement responsables devant une assemblée élue (article 305 TFUE). Ces organes examinent les conséquences d'emploi, sociales, environnementales, régionales et autres d'une proposition de la Commission et donnent leur avis aux organes de prise de décision [voir les sections 4.2.3 et 4.2.4].
Tous ces filtres administratifs, scientifiques, techniques et nationaux par lesquels passe une proposition de la Commission et ses amendements ultérieurs garantissent qu’elle est le plus près possible de l'intérêt commun et de la meilleure solution à l'heure de sa conception. De toute façon, les meilleurs juges de la rectitude de la définition par la Commission de la meilleure solution dans l'intérêt commun des États membres sont les institutions de prise de décision: le Parlement européen et le Conseil. Ces institutions ont leurs propres comités multinationaux, qui discutent longuement toutes les propositions de la Commission, en particulier du point de vue des divers intérêts nationaux impliqués dans le problème et dans sa solution proposée. Leurs avis pèsent fortement dans les discussions de l'assemblée plénière du Parlement et des ministres qui participent à la configuration responsable du Conseil. Ces discussions prennent souvent beaucoup de mois ou même d’années et habituellement résultent dans beaucoup d'amendements à la proposition originale de la Commission. Le fait que la grande majorité des propositions de la Commission est adoptée, en fin de compte, prouve que ces propositions sont conformes à l'expertise reconnue et aux intérêts de la majorité des États membres.
Le rôle de la Commission comme gardienne de la législation européenne comprend la gestion des clauses de sauvegarde prévues par les traités ou par les dispositions relatives à des politiques communes. Ici aussi il faut un arbitre indépendant et objectif pour apprécier si des difficultés particulières ou des circonstances spéciales peuvent autoriser un État membre à déroger aux règles du traité ou des actes relatifs aux politiques communes. Dans l'exercice de ce rôle, la Commission prend évidemment en considération les intérêts vitaux de l'État membre qui s'estime lésé dans une circonstance particulière, mais elle s'entoure de précautions et de conditions telles que l'atteinte au fonctionnement du marché unique ou d'une politique commune - et donc à l'intérêt commun - soit limitée dans sa portée et dans le temps.
Sous la responsabilité des membres de la Commission travaillent environ 23.000 fonctionnaires permanents et indépendants des gouvernements de leurs pays respectifs. Ils sont répartis en vingt-quatre directions générales, responsables chacune pour une politique de l'Union et correspondant aux ministères d'un gouvernement national. Pourtant les effectifs de la Commission sont moindres que ceux de bon nombre de ministères nationaux; et encore, vingt pour cent du personnel est occupé aux travaux linguistiques (traduction et interprétation) absolument indispensables pour sauvegarder l'égalité de traitement entre les 21 langues officielles de l'Union (y compris l'irlandais, le bulgare et le roumain) [Règlement 1/1958, version consolidée 01.01.2007].
Sous le contrôle et la responsabilité de la Commission, des agences d'exécution peuvent être chargées de certaines tâches relatives à la gestion de programmes de l'UE [Règlement 58/2003 et règlement 1653/2004]. Le traité de Lisbonne a prévu la création d'un service européen pour l'action extérieure (SEAE) qui assiste le haut représentant de l'Union dans l'exercice de ses fonctions et travaille en collaboration avec les services diplomatiques des États membres (article 27 TUE). Ce service est composé de fonctionnaires originaires des services compétents du secrétariat général du Conseil des ministres et de la Commission, et de diplomates nationaux détachés [voir la section 8.2.1].
