Η Συνθήκη της Νίκαιας εκπονήθηκε από τις κυβερνήσεις των Δεκαπέντε σαν παροδική Συνθήκη για να επιτρέψει στην Ευρωπαϊκή Κοινότητα/Ένωση (ΕΚ/ΕΕ) να λειτουργήσει προσωρινά μετά από την ένταξη δέκα νέων μελών. Δεν θέλησαν μέσω αυτής της προσωρινής Συνθήκης να επιτρέψουν στην ΕΚ/ΕΕ να κάνει νέα βήματα προόδου. Θέλοντας, πάντως, να προωθήσει τη διαδικασία της ολοκλήρωσης προς μια ουσιαστική μεταρρύθμιση του θεσμικού πλαισίου της διευρυμένης Ένωσης, το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο της Νίκαιας συγκάλεσε μια νέα διακυβερνητική διάσκεψη για να προτείνει μια νέα και ευρύτερη τροποποίηση των Συνθηκών. Για να εξασφαλίσει μια καλή προετοιμασία αυτής της διάσκεψης, το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο του Laeken (14-15 Δεκεμβρίου 2001) αποφάσισε να συγκαλέσει μια Συνέλευση για το μέλλον της Ευρώπης, με τον πρώην Πρόεδρο της Γαλλικής Δημοκρατίας, κ. Giscard d'Estaing ως πρόεδρο. Η Συνέλευση απαρτιζόταν από αντιπροσώπους των κυβερνήσεων και των εθνικών κοινοβουλίων των κρατών μελών καθώς επίσης και από αντιπροσώπους όλων των Ευρωπαϊκών οργάνων. Η Συνέλευση αυτή αποφάσισε να αποκαλέσει τη Συνθήκη που ετοίμαζε «Συνθήκη για τη θέσπιση Συντάγματος της Ευρώπης».

Η διάσκεψη, η οποία άρχισε τις εργασίες της στη Ρώμη τον Οκτώβριο 2003 με τη συμμετοχή εκπροσώπων εικοσιπέντε κρατών, υιοθέτησε βασικά τις προτάσεις της Συνέλευσης και παρουσίασε το σχέδιο του Συντάγματος στο Ευρωπαϊκό Συμβούλιο, το οποίο το ενέκρινε με μικρές αλλαγές στις 18 Ιουνίου 2004. Οι εικοσιπέντε αρχηγοί κρατών ή κυβερνήσεων της διευρυμένης Ένωσης υπέγραψαν τη Συνταγματική Συνθήκη στις 29 Οκτωβρίου 2004 στη Ρώμη (η οποία επιλέχθηκε σε ανάμνηση της υπογραφής της ιδρυτικής Συνθήκης της ΕΟΚ). Η νέα Συνθήκη πρόβλεπε τη θέση σε ισχύ της δύο χρόνια μετά από την ημερομηνία της υπογραφής της και μετά την επικύρωσή της, μέσα σε αυτό το διάστημα, από τα εικοσιπέντε κράτη μέλη. Όμως, το δημοψήφισμα που ανήγγειλε ο Βρετανός πρωθυπουργός τον Απρίλιο του 2004 έκανε αυτή τη θέση σε ισχύ περισσότερο από αμφίβολη, δεδομένου ότι όλες οι δημοσκοπήσεις πρόβλεπαν μια μεγάλη πλειοψηφία για το «όχι» των Βρετανών. Επομένως, τα αρνητικά δημοψηφίσματα στη Γαλλία και στην Ολλανδία, στις 29 Μαΐου και την 1 Ιουνίου 2005, επιβεβαίωσαν απλά τον αναγγελθέντα θάνατο της Συνταγματικής Συνθήκης. Οι ευρωσκεπτικιστές ήλπισαν τότε ότι μαζί με το Σύνταγμα θα πέθαινε και η ιδέα της ευρωπαϊκής ενοποίησης την οποίαν απεχθάνονταν. Για μια ακόμη φορά οι πολιτικοί ηγέτες της Ευρώπης, έχοντας επίγνωση του κοινού συμφέροντος όπως και των επιμέρους εθνικών συμφερόντων, τους απογοήτευσαν, θέτοντας τέρμα στην κρίση που είχε προκαλέσει στην Ένωση η Συνταγματική Συνθήκη.

Η Συνθήκη της Λισαβόνας (ή Λισσαβώνας), την οποία υπέγραψαν οι αρχηγοί κρατών ή κυβερνήσεων των 27 κρατών μελών, στις 13 Δεκεμβρίου 2007, διατήρησε όλα τα σημαντικά στοιχεία της αποθανούσης συνταγματικής Συνθήκης, ενώ παραμέρισε ορισμένα δευτερεύοντα ή διακοσμητικά στοιχεία, τα οποία ενοχλούσαν ιδιαίτερα τους ευρωσκεπτικιστές: τον τίτλο του «Συντάγματος» που για κάποιους υπέκρυπτε τη μετουσίαση της Ένωσης σε υπερκράτος· την αναφορά στα σύμβολα της ενοποίησης, όπως τη γνωστή μας σημαία με τα δώδεκα άστρα, την ωδή στη χαρά του Μπετόβεν που έχει ήδη καθιερωθεί ως ύμνος της Ευρώπης· την 9η Μαΐου ως ημέρα της Ευρώπης εις ανάμνηση της διακήρυξης του Ρ. Σουμάν. Οι «ευρωπαϊκοί νόμοι» και οι «ευρωπαϊκοί νόμοι-πλαίσια» δεν θα αντικαταστήσουν τους «κανονισμούς» και τις «οδηγίες», όπως πρότεινε το Σύνταγμα, αλλά εν πάση περιπτώσει η προτεινόμενη από αυτό αλλαγή των ονομάτων των νομικών μέσων δεν θα επέφερε ουσιαστική αλλαγή στο ευρωπαϊκό νομικό σύστημα [βλ. το τμήμα 3.3]. Ο χάρτης των θεμελιωδών δικαιωμάτων δεν ενσωματώνεται στη Συνθήκη της Λισαβόνας, όπως στο Σύνταγμα, αλλά η νέα Συνθήκη καθιστά νομικά δεσμευτικές τις διατάξεις του, εκτός όσον αφορά το Ηνωμένο Βασίλειο και την Πολωνία [βλ. το τμήμα 9.2 και την εισαγωγή στο κεφάλαιο 13].

Οι σημαντικότερες μεταρρυθμίσεις που προτείνονταν από το θνησιγενές Σύνταγμα αναλαμβάνονται από τη Συνθήκη της Λισαβόνας. Καταρχήν, η Ευρωπαϊκή Ένωση θα απορροφήσει την Ευρωπαϊκή Κοινότητα, η οποία θα πάψει να υπάρχει. Υπό το όνομα της πόλης όπου υπογράφηκαν, θα βρίσκει κανείς ακόμα δύο Συνθήκες που θα είναι ισότιμες από νομική άποψη: τη Συνθήκη για την Ευρωπαϊκή Ένωση (ΣΕΕ) και τη Συνθήκη για τη λειτουργία της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΣΛΕΕ), η οποία θα αντικαταστήσει τη Συνθήκη για την ίδρυση της Ευρωπαϊκής Κοινότητας (ΣΕΚ), τερματίζοντας έτσι τη σύγχυση μεταξύ της «Κοινότητας» και της «Ένωσης». Η συγχώνευση της Κοινότητας και της Ένωσης θα καταργήσει την παράλογη έννοια των «τριών πυλώνων»της Ένωσης: της Eυρωπαϊκής Kοινότητας (EK), της κοινής εξωτερικής πολιτικής και πολιτικής ασφαλείας (KEΠΠA) και της δικαιοσύνης και των εσωτερικών υποθέσεων (ΔEY). Από τη θέση σε ισχύ της Συνθήκης της Λισαβόνας θα μιλούμε μόνο για την Ευρωπαϊκή Ένωση, αλλά θα αναφερόμαστε στην Κοινότητα σχετικά με όλη τη νομοθεσία που έχει θεσπιστεί πάνω στη βάση της. Η Ευρωπαϊκή Ένωση θα έχει ενιαία νομική προσωπικότητα με την οποία θα διαπραγματεύεται, θα υπογράφει και θα εφαρμόζει όλες τις εξωτερικές υποχρεώσεις, πολιτικές και δραστηριότητες, που περιλαμβάνουν την εμπορική πολιτική, την ενίσχυση στην ανάπτυξη, την εκπροσώπηση σε τρίτες χώρες και σε διεθνείς οργανισμούς και την εξωτερική πολιτική και άμυνας. Τόσο στο εσωτερικό (στους πολίτες της), όσο και στο εξωτερικό (στα τρίτα κράτη) η Ένωση θα φαίνεται σαν ένας υγιής και δυνατός οργανισμός και όχι σαν δύο Σιαμαία ασθενή και αδύναμα (το ένα ονομαζόμενο Κοινότητα και το άλλο Ένωση).

Με τη νέα Συνθήκη, η Ευρωπαϊκή Ένωση γίνεται δημοκρατικότερη. Οι αρμοδιότητες του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου αυξάνονται σημαντικά [βλ. το τμήμα 4.1.3]. Η «διαδικασία συναπόφασης» του Κοινοβουλίου με το Συμβούλιο μετονομάζεται σε «συνήθη νομοθετική διαδικασία» (άρθρο 294 ΣΛΕΕ, πρώην άρθρο 251 ΣΕΚ) και επεκτείνεται σε διάφορους νέους τομείς, όπως η δικαιοσύνη και οι εσωτερικές υποθέσεις, σε μερικές πτυχές της κοινής εμπορικής και της κοινής γεωργικής πολιτικής, όπως επίσης και στον προϋπολογισμό της ΕΕ (Άρθρο 9 Α, Λισαβόνας = άρθρο Ι-20, Συντάγματος). Έτσι, το Κοινοβούλιο θα έχει τον ρόλο μιας Βουλής των αντιπροσώπων των πολιτών της Ένωσης, ενώ το Συμβούλιο θα παίζει τον ρόλο μιας Συγκλήτου, που θα αντιπροσωπεύει τις κυβερνήσεις των κρατών μελών. Σχετικά με τον προϋπολογισμό, ειδικότερα, η διάκριση μεταξύ «υποχρεωτικών δαπανών» (περίπου το ήμισυ των πιστώσεων, που συγκροτούνται κυρίως από εκείνες που αφορούν τη κοινή γεωργική πολιτική και τώρα είναι εκτός των εξουσιών του Κοινοβουλίου) και «μη υποχρεωτικών δαπανών» καταργείται, με αποτέλεσμα το Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο να έχουν ίσες εξουσίες επί του προϋπολογισμού, ο οποίος μετονομάζεται από «προϋπολογισμό των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων» σε «προϋπολογισμό της Ένωσης» (Άρθρο 41 ΣΕΕ = άρθρο Ι-53, Συντάγματος) [βλ. το τμήμα 3.4]. Η συγκατάθεση του Κοινοβουλίου απαιτείται επίσης για όλες τις διεθνείς συμφωνίες στους τομείς που διέπονται από τη συνήθη νομοθετική διαδικασία.

Αντιγράφοντας το σχέδιο συντάγματος, η Συνθήκη της Λισαβόνας περιλαμβάνει πολλά άλλα στοιχεία που στοχεύουν στον περαιτέρω εκδημοκρατισμό της λειτουργίας της Ένωσης. Απαριθμεί και ενισχύει τις αξίες και τους στόχους στους οποίους βασίζεται η Ένωση, ειδικότερα τις αξίες των απαράβατων και αναφαίρετων δικαιωμάτων του ανθρώπου, της ελευθερίας, της δημοκρατίας, της ισότητας και του κράτους δικαίου (Άρθρο 1α, Λισαβόνας = άρθρο Ι-2, Συντάγματος) [βλ. το τμήμα 9.5]. Δίνει στα εθνικά κοινοβούλια μεγαλύτερες δυνατότητες να συμμετέχουν παράλληλα με τα ευρωπαϊκά όργανα στις  δραστηριότητες της Ένωσης, καθορίζοντας σαφώς το δικαίωμά τους στην πληροφόρηση, σε μηχανισμούς για την πολιτική στον τομέα της ελευθερίας, της ασφάλειας και της δικαιοσύνης, στις διαδικασίες για τη μεταρρύθμιση των Συνθηκών και, κυρίως, σε ένα νέο μηχανισμό που τους επιτρέπει να ελέγχουν ότι η Ένωση ενεργεί μόνον στις περιπτώσεις που η δράση της είναι αποτελεσματικότερη από μια δράση που αναλαμβάνεται στο εθνικό επίπεδο (επικουρικότητα) [βλ. το τμήμα 3.2 και 9.5]. Καλεί τα θεσμικά όργανα να διατηρούν ανοιχτό, διαφανή και τακτικό διάλογο με τις αντιπροσωπευτικές ενώσεις και την κοινωνία των πολιτών και να δίδουν στους πολίτες και στις αντιπροσωπευτικές ενώσεις τη δυνατότητα να γνωστοποιούν και να ανταλλάσσουν δημόσια τις γνώμες τους σε όλους τους τομείς δράσης της Ένωσης. Προσκαλεί, εξάλλου, τους πολίτες να συμμετέχουν στις πολιτικές της Ένωσης χάρη στην πρωτοβουλία των πολιτών, με την οποία ένα εκατομμύριο πολίτες, από έναν αριθμό χωρών μελών, θα μπορούν να καλούν την Επιτροπή να υποβάλει νέες προτάσεις πολιτικής (Άρθρα 8 Α και 8 Β, Λισαβόνας = άρθρα Ι-46 και Ι-47, Συντάγματος] Υπογραμμίζει την εθελοντική φύση της διαδικασίας ολοκλήρωσης [βλ. το τμήμα 1.1.2], αναγνωρίζοντας ρητά τη δυνατότητα για ένα κράτος μέλος να αποσυρθεί από την Ένωση (Άρθρο 49 Α, Λισαβόνας = άρθρο Ι-60, Συντάγματος).

Οι μεταρρυθμίσεις των ευρωπαϊκών οργάνων, τις οποίες προβλέπει η Συνθήκη της Λισαβόνας είναι επίσης ουσιαστικά οι ίδιες με αυτές που πρότεινε το σύνταγμα. Παράλληλα με τον ενισχυμένο ρόλο του, η σύνθεση του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου έχει προσαρμοστεί στις νέες περιστάσεις της διευρυμένης Ένωσης. Ο αριθμός των ευρωβουλευτών θα είναι οριστικά 751 (750 συν τον πρόεδρο του Κοινοβουλίου) και οι έδρες θα κατανεμηθούν μεταξύ των χωρών σύμφωνα με τη "φθίνουσα αναλογικότητα", δηλ. οι ευρωβουλευτές από τις πιο μεγάλες χώρες θα αντιπροσωπεύουν καθένας περισσότερους πολίτες από εκείνους από τις μικρότερες χώρες (Άρθρο 9 A(2), Λισαβόνας = άρθρο I-20, Συντάγματος) [βλ. το τμήμα 4.1.3]. Ο Πρόεδρος της Ευρωπαϊκής Επιτροπής θα ορκίζεται ενώπιον του Κοινοβουλίου μετά από πρόταση του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου, το οποίο όμως θα λαμβάνει υπόψη το αποτέλεσμα των εκλογών του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, δίνοντας κατά συνέπεια στον Πρόεδρο της Επιτροπής μεγαλύτερη δημοκρατική νομιμότητα, εφόσον θα πρέπει να ανήκει στην πολιτική ομάδα που πλειοψήφησε στις Ευρωεκλογές (Άρθρο 9 Δ(7), Λισαβόνας = άρθρο I-27, Συντάγματος). Το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο γίνεται πλήρες όργανο της ΕΕ. Αν και δεν αποκτάει νέες εξουσίες, θα διευθύνεται από έναν μόνιμο πρόεδρο, που θα εκλέγεται από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο για δυόμισι έτη. Ο κύριος ρόλος του προέδρου θα είναι να προετοιμάζει την εργασία του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου, να εξασφαλίζει τη συνοχή στην εργασία του και τη σύμπνοια μεταξύ των χωρών μελών, αλλά και να εμφανίζεται σαν Πρόεδρος της Ένωσης δίπλα στους πρωταγωνιστές της διεθνούς σκηνής (Άρθρο 9β, Λισαβόνας = άρθρο I-22, Συντάγματος) [βλ. το τμήμα 4.1.1]. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή διατηρεί το ρόλο της, αλλά, από το 2014, ο αριθμός των Επιτρόπων θα μειωθεί. Μόνο τα δύο τρίτα των κρατών μελών θα έχουν έναν Επίτροπο και οι θέσεις θα περιέρχονται εν περιτροπής σε υπηκόους των κρατών μελών. Πάντως, η Επιτροπή θα έχει ένα νέο ρόλο στις εξωτερικές σχέσεις, δεδομένου ότι ο αντιπρόεδρός της, αρμόδιος για τις εξωτερικές σχέσεις, θα είναι και ο Ύπατος εκπρόσωπος της ΕΕ για την εξωτερική πολιτική και πολιτική ασφαλείας και θα προεδρεύει του «Συμβουλίου εξωτερικών υποθέσεων» (Άρθρο 9 Ε, Λισαβόνας = άρθρο I-28, Συντάγματος) [βλ. το τμήμα 4.1.2]. Εκτός από αυτήν την αλλαγή και το γεγονός ότι θα μοιραστεί τη νομοθετική εξουσία με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, ο ρόλος του Συμβουλίου (των Υπουργών ή της Ευρωπαϊκής Ένωσης) είναι αμετάβλητος. Όλες οι συζητήσεις του σε νομοθετικά θέματα θα δημοσιοποιούνται, πράγμα που σημαίνει ότι δημοσιογράφοι θα παρίστανται στις συσκέψεις και θα μεταδίδουν τα κύρια σημεία αυτών των συζητήσεων στους πολίτες (Άρθρο 9 Γ(8), Λισαβόνας = άρθρο I-24, Συντάγματος).

Το σύστημα ψηφοφορίας στο Συμβούλιο των Υπουργών θα είναι «ειδική πλειοψηφία», η οποία, από το 2014, θα βασίζεται στη διπλή πλειοψηφία των κρατών και του πληθυσμού, διευκολύνοντας τη λήψη αποφάσεων στη διευρυμένη Ένωση. Οι αποφάσεις στο Συμβούλιο των υπουργών θα χρειάζονται την υποστήριξη του 55% των κρατών μελών που θα αντιπροσωπεύουν τουλάχιστον 65% του πληθυσμού της ΕΕ (Άρθρο 9 Γ(4), Λισαβόνας = άρθρο I-25, Συντάγματος) [βλ. τα τμήματα 4.1.4 και 4.3]. Ακολουθώντας τα βήματα της Συνταγματικής Συνθήκης, η Συνθήκη της Λισαβόνας επεκτείνει τη συνήθη νομοθετική διαδικασία σε σχεδόν όλα τα θέματα της δικαιοσύνης και των εσωτερικών υποθέσεων (ΔΕΥ), καταργώντας έτσι τον αποκαλούμενο τρίτο πυλώνα της Ένωσης [βλ. το τμήμα 8.1].

Όπως το σχέδιο του συντάγματος, η Συνθήκη της Λισαβόνας δεν επεκτείνει την ειδική πλειοψηφία στην κοινή εξωτερική πολιτική και πολιτική ασφαλείας (ΚΕΠΠΑ). Η ομοφωνία θα συνεχίσει να είναι ο κανόνας για τη λήψη αποφάσεων στα θέματα της ΚΕΠΠΑ, εμποδίζοντας κατά συνέπεια αυτή την πολιτική από του να γίνει πραγματικά κοινή και αποτελεσματική(Άρθρο 10 Γ, Λισαβόνας) [βλ. το τμήμα 8.2.1]. Εντούτοις, το γεγονός ότι ο νέος Ύπατος εκπρόσωπος για τις εξωτερικές υποθέσεις και την πολιτική ασφάλειας θα είναι αντιπρόεδρος της Επιτροπής θα βοηθήσει την ΕΕ να εργάζεται αποτελεσματικότερα και με συνέπεια στην παγκόσμια σκηνή. Ο Ύπατος εκπρόσωπος - επικουρούμενος από μια νέα ευρωπαϊκή υπηρεσία εξωτερικής δράσης, που θα απαρτίζεται από υπαλλήλους του Συμβουλίου, της Επιτροπής και των εθνικών διπλωματικών υπηρεσιών - θα δώσει στην ΕΕ τη δυνατότητα να εργάζεται αποτελεσματικότερα και με μεγαλύτερη συνέπεια σε παγκόσμιο επίπεδο, αλληλοσυνδέοντας τους διάφορους άξονες της εξωτερικής πολιτικής, όπως είναι η διπλωματία, η ασφάλεια, το εμπόριο, η βοήθεια στην ανάπτυξη, η ανθρωπιστική βοήθεια και οι διεθνείς διαπραγματεύσεις [βλ. το τμήμα 4.1.2]. Εξάλλου η Συνθήκη της Λισαβόνας (όπως το σχέδιο Συνταγματικής Συνθήκης) ενισχύει την Ευρωπαϊκή Πολιτική Ασφάλειας και Άμυνας (ΕΠΑΑ) προσθέτοντας αποστολές στις λεγόμενες αποστολές Πέτερσμπεργκ, όπως παροχή συμβουλών και αρωγής επί στρατιωτικών θεμάτων, πρόληψη των συγκρούσεων και σταθεροποίηση της ειρήνης (Άρθρο 43 ΣΕΕ). Επιπλέον, η νέα Συνθήκη δίνει τη δυνατότητα σε κράτη μέλη που πληρούν υψηλότερα κριτήρια στρατιωτικών δυνατοτήτων και έχουν αναλάβει δεσμευτικότερες υποχρεώσεις στον τομέα αυτό να θεσμοθετούν μόνιμη διαρθρωμένη συνεργασία στο πλαίσιο της Ένωσης (Άρθρο 28 Α.6, Λισαβόνας = άρθρα Ι-41.6 και ΙΙΙ-312, Συντάγματος) [βλ. το τμήμα 8.2.3].

Η Συνθήκη της Λισαβόνας απορρίφθηκε αρχικά από το ιρλανδικό εκλογικό σώμα σε δημοψήφισμα που έγινε στις 12 Ιουνίου 2008, μια απόφαση που αντιστράφηκε από ένα δεύτερο δημοψήφισμα που έγινε στις 2 Οκτωβρίου 2009, η ιρλανδική εμπειρία καταδεικνύοντας άλλη μια φορά την ακαταλληλότητα των δημοψηφισμάτων για την επικύρωση των συνθηκών [βλ. τα τμήματα 1.5.3 και 9.5]. Έτσι, η Συνθήκη της Λισαβόνας τέθηκε σε ισχύ ένα χρόνο αργότερα απότι προβλεπόταν, την 1η Δεκεμβρίου 2009.