En signant le traité de Nice, en décembre 2000, les gouvernements des quinze savaient qu'il s'agissait d'un traité transitoire, devant permettre à la Communauté/Union européenne (CE/UE) de fonctionner temporairement après l'adhésion de dix nouveaux membres. Ils n'attendaient pas de ce traité provisoire de permettre à la CE/UE de progresser sur la voie de son intégration. Voulant justement pousser en avant le processus d'intégration par une réforme substantielle du cadre institutionnel de l'Union élargie, le Conseil européen de Nice a convoqué une nouvelle Conférence intergouvernementale (CIG) pour proposer une nouvelle et plus large révision des traités. Pour assurer une large préparation de la CIG, le Conseil européen de Laeken (14-15 décembre 2001) a décidé de convoquer une Convention sur l'avenir de l'Europe , ayant comme président l'ancien président de la République française, M. Giscard d'Estaing. La Convention réunissait des représentants des gouvernements et des parlements nationaux des États membres ainsi que des représentants de toutes les institutions européennes. C'est la Convention qui a décidé d'appeler le traité qu'elle préparait "Traité établissant une Constitution pour l'Europe".

La CIG qui a commencé ses travaux à Rome en octobre 2003 avec la participation des représentants des vingt-cinq pays a très largement suivi la Convention et a présenté le projet de Constitution au Conseil européen, qui l'a adopté avec quelques changements mineurs le 18 juin 2004. Les vingt-cinq chefs d'État ou de gouvernement de l'Union élargie ont signé le traité constitutionnel le 29 octobre 2004 à Rome (ville choisie pour cet événement en commémoration de la signature du traité original instituant la CEE). Le traité établissant une Constitution pour l'Europe prévoyait d'entrer en vigueur deux ans après sa signature, envisageant sa ratification par les vingt-cinq États membres pendant ce temps. Cependant, le référendum annoncé par le premier ministre britannique en avril 2004 rendait cette mise en vigueur plus que douteuse, puisque tous les sondages d'opinion prédisaient une large majorité au «non» du peuple britannique. Ainsi, les référendums négatifs en France et aux Pays Bas, les 29 mai et 1 juin 2005, ont simplement confirmé la mort annoncée du traité constitutionnel. Les eurosceptiques se réjouir alors qu'avec la constitution mourrait également l'idée de l'unification européenne, qu'ils abhorraient. De nouveau, les dirigeants politiques de l'Europe, conscients de l'intérêt commun aussi bien que de leurs intérêts nationaux, les désabusèrent, terminant la crise occasionnée à l'UE par le traité constitutionnel.

Le traité de Lisbonne , signé par les chefs d'État ou de gouvernement des 27 États membres, le 13 décembre 2007, a maintenu tous les éléments importants du traité constitutionnel mort-né, mettant de côté certains éléments secondaires ou emblématiques, qui gênaient particulièrement les eurosceptiques: le titre de la "constitution" qui pour certains cachait la transformation de l'Union en un super-État; la référence aux symboles de l'unification, tels que le drapeau avec les douze étoiles, l'ode à la joie de Beethoven qui est déjà confirmé comme l'hymne de l'Europe; le 9 mai comme jour de l'Europe en commémoration de la déclaration de R. Schuman. Les "lois européennes" et les "lois-cadres européennes" ne remplaceront pas les "règlements" et les "directives", comme proposé par la Constitution, mais de toute façon le changement proposé des noms des instruments juridiques de l'Union n'aurait pas eu un effet sur le système légal européen [voir la section 3.3]. La charte des droits fondamentaux n'est pas incorporée au traité de Lisbonne comme elle était dans la Constitution, mais le nouveau traité confère une valeur juridiquement contraignante à ses dispositions, sauf en qui concerne le Royaume Uni et la Pologne [voir la section 9.2 et l'introduction au chapitre 13].

Les réformes les plus importantes proposées par la Constitution mort-née sont assumées par le traité de Lisbonne. Tout d'abord, l'Union européenne absorbera la Communauté européenne, qui cessera d'exister en tant que telle. Sous le nom de la ville où ils ont été signés, on trouvera deux traités ayant le même rang juridique: le traité sur l'Union européenne (TUE) et le traité sur le fonctionnement de l'Union européenne (TFUE), qui remplacera le traité établissant le Communauté européenne (TCE), terminant de ce fait la confusion entre ''la Communauté" et ''l'Union''. La fusion de la Communauté et de l'Union éliminera la notion absurde des "trois piliers" de l'Union: la Communauté européenne (CE), la politique étrangère et de sécurité commune (PESC) et la justice et les affaires intérieures (JAI). Dès la mise en vigueur du traité de Lisbonne nous parlerons seulement de l'Union européenne, mais nous nous référerons nécessairement à la Communauté européenne concernant toute la législation arrêtée sur sa base. L'Union européenne aura une personnalité juridique unique, sous laquelle elle négociera, signera et appliquera tous ses engagements, politiques et activités extérieurs, dont le commerce, l'aide au développement et la politique extérieure et de sécurité commune. Tant de l'intérieur (ses citoyens) que de l'extérieur (les États tiers) l'Union sera ainsi vue comme un organisme sain et solide plutôt que comme deux siamois frêles et précaires (l'un nommé Communauté, l'autre Union).

Aux termes du nouveau traité, l'Union européenne devient plus démocratique. Les pouvoirs du Parlement européen sont de nouveau augmentés [voir la section 4.1.3]. La procédure de codécision du Parlement et du Conseil est rebaptisée "procédure législative ordinaire"  (article 294 TFUE, ex-article 251 TCE) et est étendue à plusieurs domaines, y compris la justice et les affaires intérieures, certains aspects des politiques commerciale et agricole, ainsi qu'au budget de l'UE (article 9 A, Lisbonne = article I-20, Constitution). Ainsi, le Parlement aura les fonctions d'une chambre des représentants des citoyens, tandis que le Conseil jouera le rôle d'un Sénat, représentant les gouvernements des États membres. Pour ce qui concerne le budget, en particulier, la distinction entre les "dépenses obligatoires'' (à peu près la moitié des crédits, constitués principalement de ceux relatifs à la politique agricole commune), qui actuellement échappent au pouvoir budgétaire du Parlement et les ''dépenses non obligatoires'' est supprimée, avec le résultat que le Parlement et le Conseil auront des pouvoirs égaux sur tout le budget, qui, au lieu de "budget des Communautés européennes" sera nommé "budget de l'Union" (article 41 TUE = article I-53, Constitution) [voir la section 3.4]. De même, le consentement du Parlement est exigé pour tous les accords internationaux dans les domaines régis par la procédure législative ordinaire.

Copiant le projet de constitution, le traité de Lisbonne contient beaucoup d'autres éléments visant la démocratisation du fonctionnement de l'Union. Il détaille et renforce les valeurs et les objectifs sur lesquels l'Union est bâtie, notamment les droits inviolables et inaliénables de la personne humaine, ainsi que la liberté, la démocratie, l'égalité et l'État de droit (article 1bis, Lisbonne, article I-2, Constitution) [voir la section 9.5]. Il déclare que dans toutes ses activités, l'Union respecte le principe de l'égalité de ses citoyens, qui bénéficient d'une égale attention de ses institutions, organes et organismes (article 8, Lisbonne = article I-45, Constitution). Il donne aux parlements nationaux la possibilité de participer à côté des institutions européennes aux activités de l'Union, établissant clairement leurs droits à l'information, aux mécanismes d'évaluation dans le cadre de l'espace de liberté, sécurité et justice, à participer à la révision des traités et, surtout, à surveiller que l'Union agit seulement lorsque son action est plus efficace qu'une action entreprise au niveau national (subsidiarité) [voir les sections 3.2 et 9.5]. Il invite les institutions d'entretenir un dialogue ouvert, transparent et régulier avec les associations représentatives et la société civile et donner aux citoyens et aux associations représentatives la possibilité de faire connaître et d'échanger publiquement leurs opinions dans tous les domaines d'action de l'Union. Par ailleurs, il invite les citoyens à participer aux politiques de l'Union grâce à l'initiative des citoyens, en vertu de laquelle, un million de citoyens, ressortissants de plusieurs États membres, pourront inviter la Commission à présenter une proposition dans les domaines de compétence de l'Union (articles 8 A et 8 B, Lisbonne = articles I-46 et I-47, Constitution) [voir la section 9.5]. Il souligne la nature volontaire du processus d'intégration [voir la section 1.1.2], en reconnaissant explicitement aux pays membres qu'il leur est toujours loisible de se retirer de l'Union (article 49 A, Lisbonne = article I-60, Constitution).

Les réformes des institutions européennes entérinées par le traité de Lisbonne sont aussi pratiquement identiques à celles que proposait la Constitution. Parallèlement à son rôle renforcé, la composition du Parlement européen a été également adaptée aux nouvelles circonstances de l'Union élargie. Le nombre des membres du PE ne pourra dépasser 751 (750 plus le président), et la répartition des sièges entre les États membres obéira à un principe de proportionnalité dégressive, ce qui signifie que les députés des pays les plus peuplés représenteront un plus grand nombre de citoyens que ceux des pays les moins peuplés (article 9 A(2), Lisbonne = article I-20, Constitution) [voir la section 4.1.3]. Le Parlement investit le Président de la Commission sur proposition du Conseil européen, "en tenant compte des élections du Parlement européen", ce qui donnerait au Président de la Commission une légitimité démocratique plus grande, puisqu'il ou elle devrait appartenir au groupe politique, qui serait majoritaire aux élections européennes (article 9 D(7), Lisbonne = article I-27, Constitution). Le Conseil européen devient une institution de l'Union sans recevoir pour autant de nouvelles attributions. Cependant, il aura un président permanent, élu par le Conseil européen pour deux ans et demi, qui aura pour tâches d'assurer la préparation et la continuité des travaux du Conseil européen, d'œuvrer à la recherche du consensus, mais aussi de représenter l'Union aux discussions des protagonistes sur la scène mondiale (article 9b, Lisbonne = article I-22, Constitution) [voir la section 4.1.1]. La Commission européenne conserve son rôle, mais, à partir de 2014, le collège sera composé d'un nombre de commissaires égal aux deux tiers du nombre d'États membres, selon un principe de rotation égale entre les États membres. Cependant, la Commission aura un nouveau rôle à jouer dans les relations extérieures, puisque son vice-président, responsable des relations extérieures deviendra le haut représentant de l'UE pour la politique extérieure et de sécurité et présidera la formation des affaires étrangères du Conseil (article 9 E, Lisbonne = article I-28, Constitution) [voir la section 4.1.2]. Excepté ce changement et le fait qu'il partagera le pouvoir législatif avec le Parlement européen, le rôle du Conseil (des ministres ou de l'Union européenne) est inchangé. Toutes ses délibérations en matière législative seront publiques, ce qui signifie que les journalistes assisteront aux réunions et rapporteront les points principaux de ces délibérations aux citoyens (article 9 C(8), Lisbonne = article I-24, Constitution).

Le système ordinaire du vote au Conseil des ministres sera le vote à la majorité qualifiée, qui, à partir de 2014, sera basé sur la double majorité d'États et de la population. Les décisions du Conseil devront être adoptées avec le vote favorable d'au moins 55% d'États membres réunissant au moins 65% de la population de l'Union, ce qui facilitera la prise de décision dans l'Union élargie (article 9 C(4), Lisbonne = article I-25, Constitution) [voir les sections 4.1.4 et 4.3]. Suivant les pas du traité constitutionnel, le traité de Lisbonne étend la procédure législative ordinaire à pratiquement tous les aspects des affaires intérieures et judiciaires, abolissant ainsi ce qu'on appelle le troisième pilier de l'Union (JAI) [voir la section 8.1].

Comme le projet de constitution, le traité de Lisbonne n'étend pas la majorité qualifiée à la politique étrangère et de sécurité commune (PESC). La distinction entre la PESC et les autres aspects de l'action extérieure de l'UE est maintenue, empêchant cette politique de devenir vraiment commune et efficace (article 24 TUE) [voir la section 8.2.1]. Néanmoins, le fait que le nouveau Haut représentant de l'Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité sera vice-président de la Commission aidera l'UE de fonctionner plus efficacement et uniformément sur la scène du monde. Le Haut représentant - assisté par un nouveau service européen pour l'action extérieure, composé de fonctionnaires du Conseil, de la Commission et des services diplomatiques nationaux - donnera la possibilité à l'UE de s'exprimer plus clairement auprès des pays partenaires et des organisations internationales, établissant des liens entre différents volets de sa politique extérieure, comme la diplomatie, la sécurité, le commerce, l'aide au développement, l'aide humanitaire et les négociations internationales [voir la section 4.1.2]. D'ailleurs, le traité de Lisbonne (comme le projet de traité constitutionnel) renforce la politique européenne de sécurité et de défense (PESD), en ajoutant aux actions dites "de Petersberg" des actions conjointes en matière de désarmement, des missions de prévention des conflits et de maintien de la paix (article 43 TUE). En outre, le nouveau traité prévoit des coopérations structurées permanentes entre États membres qui remplissent des critères plus élevés de capacités militaires et qui ont souscrit des engagements plus contraignants en la matière en vue des missions les plus exigeantes (article 28 A(6), Lisbonne = articles I-41.6 et III-312, Constitution) [voir la section 8.2.3].

Le traité de Lisbonne a été initialement rejeté par l'électorat irlandais dans un référendum tenu le 12 juin 2008, un verdict renversé par un deuxième référendum tenu le 2 octobre 2009, l'expérience irlandaise démontrant de nouveau l'inaptitude des référendums pour la ratification des traités [voir les sections 1.5.3 et 9.5 ]. Ainsi le traité de Lisbonne est entré en vigueur un an plus tard que prévu, le 1er décembre 2009.